هدف این مقاله بررسی نحوه مدل‌سازی رویکرد تغییرات مشترک درجه دوم برای برنامه‌های تخصیص اعتبار مالی فعالیت‌های میان بخشی تحقیقات کشور است. این رویکرد، مدل ریاضی درجه دوم با ساختار تغییرات مشترک متغیرهای تأثیرگذار تولید ناخالص ملی، میزان سرمایه‌گذاری ثابت ناخالص داخلی، و میزان وجوه تخصیصی سالانه اعتبار مالی تحقیقات بر اعتبار کل تحقیقات و شیوه بهینه‌یابی آن است. هدف دیگر مقاله، ارائه روشی جدید در سطح کلان اقتصادی برای خودکارسازی دستیابی به تنظیم توازن تأثیر متغیرهای اصلی اقتصادی بر تعیین و توزیع میزان اعتبار مالی فعالیت‌های تحقیقاتی است. در بهینه‌سازی مدلهای ریاضی، تغییرات مشترک اعتبار مالی فعالیت‌های تحقیقاتی دارای محدودیت و بدون محدودیت از روش‌های کلاسیک (کاروش، کان و تاکر) و هوشمند (فریز- جان، هوک و جیویس) استفاده شده است. از این رو، توانمندیهای رویکرد درجه دوم برنامه‌ریزی به گونه ای است که می‌توان با فرایند مرحله‌ای به تخصیص چهاردرصد تولید ناخالص ملی سالانه اعتبار مالی فعالیت‌های تحقیقاتی در برنامه‌های عمرانی کشور دست یافت، و این هدف در صورت نظام‌ند، خودکار و درونی شدن، با نظام بودجه بندی دولت تسریع می‌شود.