اطمینان از کیفیت مطلوب عملکرد فرآیند ایجاد رشته‌های دانشگاهی مهمترین مؤلفه برای ادامه حیات هر سازمان است. شناسایی چالش‌های این فرآیند یکی از راههای مهم برای تضمین کیفیت است. هدف این پژوهش شناسایی چالش‌های تدوین رشته‌های جدید در دانشگاه‌های ایران بود. بدین منظور در پژوهش کیفی حاضر، براساس روش نمونه گیری هدفمند، با اعضای هیئت‌علمی  تدوین کننده رشته در دانشگاه‌های دولتی اصفهان، تهران و فردوسی مشهد که دارای سابقه، تجربه و علاقه بودند، در سال 1393 مصاحبه ی عمیق به عمل آمد. همه مصاحبه‌ها ضبط، پیاده و تایپ شد. سپس در نرم افزار مکس کیو دا وارد و کدگذاری، طبقه بندی و توصیف گردید. برای تجزیه و تحلیل داده‌ها از روش نظریه زمینه‌ای استفاده شد. پس از مصاحبه با 22 نفر از اعضای هیئت‌علمی  با تجربه در زمینه تدوین رشته، غنای اطلاعات، اشباع نظری و تکرار داده‌ها حاصل شد. 113 کد از داده‌های تحقیق استخراج گردید که در دو طبقه اصلی و پنج زیر طبقه با عنوان چالش‌های کاربردی (ساختاری، مدیریتی و مالی) و کاربردی (علمی – حرفه‌ای و بین رشته‌ای) دسته بندی شدند. نتایج تحقیق بیانگر چالش‌هایی در فرآیند تدوین رشته‌های دانشگاهی است که این ضعف و چالش‌ها می‌تواند یک مانع مهم در رشد و توسعه رشته‌های دانشگاهی محسوب شود که با ارائه راهکارهای مناسب می‌توان آنها را مرتفع نمود.