این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۹، شماره ۳، صفحات ۳۱۷-۳۲۳
عنوان فارسی شناسایی آپتامر DNAای با تمایل بالا علیه آنتی‌ژن سطحی هپاتیت B با روش تکامل سیستماتیک لیگاند از طریق غنی‌سازی نمایی
چکیده فارسی مقاله اهداف: هپاتیت B عفونت ویروسی است که می‌تواند منجر به مشکلات جدی کبدی شود. برای تولید واکسن هپاتیت B از آنتی‌‌ژن سطحی ویروس هپاتیت B (HBsAg) که به‌صورت نوترکیب تولید می‌شود، استفاده می‌شود. هدف پژوهش حاضر شناسایی آپتامر DNAای با تمایل بالا علیه آنتی‌ژن سطحی هپاتیت B با روش تکامل سیستماتیک لیگاند با استفاده از غنی‌سازی نمایی بود. مواد و روش‌ها: در پژوهش تجربی حاضر با استفاده از روش تکامل سیستماتیک لیگاند از طریق غنی‌سازی نمایی (​SELEX( قطعه DNAای با قدرت اتصال بالا علیه HBsAg، جداسازی و توالی‌یابی شد. تمایل این توالی نوکلئوتیدی تک‌رشته‌ای با روش فلوریمتری محاسبه شد. اختلاف جذب اولیه و مقدار باقی‌مانده به‌عنوان معیاری از میزان توالی‌های متصل‌شده با کمک نرم‌افزار Prism 5 به روش رگرسیون غیرخطی، محاسبه Binding-saturation و مدل one site-total انجام و میزان میل ترکیبی (Kd) تعیین شد. یافته‌ها: نتایج بعد از انجام رویه SELEX و ارزیابی توالی تکثیریافته با ژل آگارز، نمونه کنترل مثبت دارای باندی در محدوده 72نوکلئوتید بود که نشان‌دهنده تکثیر موفق توالی گزینش‌شده با استفاده از آغازگزهای انتخابی بود. میل ترکیبی محاسبه‌شده 81/53نانومولار بود. طی مراحل همسانه‌سازی از روی کلنی‌های موجود واکنش PCR با آغازگرهای اختصاصی آپتامر، حضور قطعه آپتامر در باکتری اشریشیا کلی تایید شد. آپتامر گزارش‌شده دارای ساختار ثانویه پایدار با داشتن انرژی آزاد GΔ کمتر از 9/6-کیلوژول و Tm بالاتر از C°45  بود. نتیجه‌گیری: آپتامر DNAای گزینش‌شده دارای قدرت اتصال بالا به پروتئین هدف (HbsAg) است و می‌تواند به‌عنوان جایگزینی برای پادتن‌ها، در ستون‌های کروماتوگرافی تمایلی تخلیص HBsAg مورد توجه قرار بگیرد.  
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Detection of DNA Aptamer with High Affinity against Hepatitis B Surface Antigen by Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment
چکیده انگلیسی مقاله Aims: Hepatitis B is a viral infection, which can cause serious liver problems. Hepatitis B surface antigen (HBsAg), which is produced as recombinant, is used to produce the Hepatitis B vaccine. The aim of this study was to detect DNA aptamer with high affinity against HBsAg by Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX). Materials and Methods: In the present experimental study, SELEX method was used to isolate and sequence a DNA aptamer with high affinity against HBsAg. The affinity of this monoclonal nucleotide sequence was calculated by fluorimetric method. The difference of initial absorption and residual value as a measure for the number of associated sequences were calculated with Prism 5 software by nonlinear regression method, Binding-saturation and one site-total model were performed, and the amount of electron affinity (Kd) was determined. Findings: After performing the SELEX procedure and evaluating the amplified sequence with agarose gel, the result was positive control sample containing a bond in the range of 72nucleotides, indicating successful amplification of the selected sequence, using selective primers. During cloning steps from existing colonies of PCR reaction with aptamer specific primers, the presence of aptamer was confirmed in Escherichia coli bacteria. The reported aptamer had a stable secondary structure with a free energy of ΔG of less than -6.9kJ and Tm higher than 45°C. Conclusion: The selected DNA aptamer has a high affinity to the target protein (HbsAg) and can be considered as an alternative for mAbs in chromatography column.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله سمیرا انباری‌میبدی | H. Rashedi
Biotechnology Department, Chemical Engineering Faculty, University of Tehran, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

ساره ارجمند | S. Arjmand
Protein Research Center, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
مرکز تحقیقات پروتئین، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

حمید راشدی | H. Rashedi
Biotechnology Department, Chemical Engineering Faculty, University of Tehran, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

سید امید رعنایی‌سیادت | S.O. Ranaei Siadat
Biotechnology Department, Energy & New Technologies Faculty, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده فناوری‌های نوین، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

محمد پوریعقوبی | M. Pouryaqubi
Nanobiotechnology Department, Biological Science Faculty, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

نشانی اینترنتی http://journals.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-1-2-89&slc_lang=other&sid=22
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/899/article-899-1047255.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده other
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات