این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
مجله علوم اعصاب شفای خاتم، جلد ۲، شماره ۲، صفحات ۲۱-۳۰
عنوان فارسی مدل‌سازی و مطالعۀ بیوانفورماتیکی کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ نوع انسانی
چکیده فارسی مقاله مقدمه : تعیین ساختار سوم پروتئین‌ها با استفاده از روش کریستالوگرافی اشعۀ X ، روشی زمان‌بر بوده که نیازمند تسهیلات خاص و اپراتور‌های متخصص می‌باشد. تعیین ساختار سوم با استفاده از روش ‎ های بیوانفورماتیک برای مطالعات آزمایشگاهی و به ویژه اکتشاف داروها و ارتباطات تکاملی ارزشمند است. در مطالعۀ حاضر با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی و پایگاه‌های اطلاع رسانی، ساختارهای سوم انواع کانال‌های سدیمی انسان تعیین و ارتباطات تکاملی آن‌ها بررسی شد . مواد و روش‌ها : توالی ‎ های آمینو اسیدی کانال‌های سدیمی از Uniprot به دست آمد و از SWISS-MODEL جهت پیشگویی ساختار سوم استفاده شد. ساختار سوم این کانال‌ها با استفاده از نرم‌افزار SWISS-MODEL با استفاده از الگوریتم ‌تعریف شده برای Protein BLAST ، پیشگویی شدند . ساختارهای پیشگویی شده با استفاده از نرم افزار Molegro Virtual Viewer تصویربرداری شد. برای تعیین ارتباطات تکاملی انواع کانال‌های سدیمی از نرم‌افزار Mega 5 جهت رسم درخت فیلوژنی براساس توالی کانال‌ها، استفاده شد. شناسایی ارتباطات متقابل کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ از طریق نرم‌افزار String db صورت گرفت . یافته‌ها : بر اساس اطلاعات پایگاه‌ داده-های نورون، 9 نوع کانال یونی سدیم در انسان وجود دارد که به‌ صورت SCN1A-5A و SCN8A-11A نام‌گذاری می-شوند . نرم افزار SWISS-MODEL تنها قادر به پیشگویی برخی دُمین‌های کانال‌های سدیمی با درصد شناسایی بالا می‌باشد. درصد یکسانی توالی‌ها برای هر کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ متفاوت و از 57/16 درصد (SCN4A) تا 100 درصد (برای SCN2A و SCN5A) متغیر بود. نتایج حاصل از انجام هم‌ترازی توالی‌ها (BLAST) و ترسیم درخت فیلوژنیک، حاکی از آن است که پروتئین کانال سدیمی حیواناتی نظیر شامپانزه، میمون و گوریل نسبت به سایر جانوران، دارای درصد تشابه توالی بیشتری با انسان هستند . نتیجه ‎ گیری : در اغلب موارد SWISS-MODEL برای پیشگویی ساختار سه ‌بعدی پروتئین‌های کانال سدیمی مناسب نمی‌باشد. بنابراین پیشنهاد می‌شود که در مدل-های آزمایشگاهی مطالعات کانال‌های سدیمی و طراحی یا ارزیابی داروها بهتر است از حیوانات فوق الذکر استفاده شود. در این صورت نتایج حاصل از کارآزمایی‌های حیوانی قابلیت تعمیم بیشتری به انسان خواهند داشت .
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Modeling and Bioinformatics Investigations of Human Voltage-gated Sodium Ion Channels
چکیده انگلیسی مقاله Introduction: Tertiary (3D) structure determination using X-ray diffraction crystallography is a time consuming method, needs special facilities and expert operators. 3D structure determination by bioinformatics software is worth in experimental research, especially for drug discovery purposes and evolutionary relationships. Using computational biology software and databases, we have determined probable 3D structure of human voltage-gated sodium ion channels (VGSCs) and their developmental associations. Materials and Methods: Amino acid sequences of VGSCs were obtained from Uniprot and used to predict their 3D structure using SWISS-MODEL server and by its definitive algorithm for protein basic local alignment search tool (BLAST)-(followed by visualization using Molegro Virtual Viewer software). Phylogenic tree was plotted using Mega 5 application for VGSCs sequences. VGSCs interactions were determined by String-db server. Results: According to the Neuron data-base, there are 9 types of human VGSCs named SCN1A-5A and SCN8A-11A. SWISS-MODEL software was just only able to predict some domains of VGSCs with high identity percentages. The identity percentages were variable for each VGSC and varied from 16.57% (SCN4A) to 100% (SCN2A, SCN5A). Blast results and drawing phylogenetic trees practice showed that animals, such as chimpanzee, gibbon, and gorilla have the most similar protein sequences. Conclusion: In most cases, modeling using SWISS-MODEL is not enough decisive for prediction of protein 3D structure. Thus, we propose that researchers use mentioned animals for experiments of VGSCs, characterized structures for bioinformatics and drug designing surveys. In this case, the results of animal trials could be generalized to human more precisely.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله علی جهانبازی جهان آباد | ali jahanbazi jahan abad
shefa neuroscience research center, khatamalanbia hospital, tehran, iran.
مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا، بیمارستان خاتم الانبیاء، تهران، ایران.
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا (Shefa neuroscience research center)

رحمان یلمه | rahman yolmeh
shefa neuroscience research center, khatamalanbia hospital, tehran, iran.
مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا، بیمارستان خاتم الانبیاء، تهران، ایران.
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا (Shefa neuroscience research center)

فرشته پرتو | fereshteh parto
food and drug laboratory, food and drug administration, qazvin university of medical sciences, qazvin, iran.
آزمایشگاه غذا و دارو، معاونت غذا و دارو، دانشگاه علوم پزشکی قزوین، قزوین، ایران.
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی قزوین (Qazvin university of medical sciences)

عبدالرحیم آب سالان | abdorrahim absalan
shefa neuroscience research center, khatamalanbia hospital, tehran, iran.
مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا، بیمارستان خاتم الانبیاء، تهران، ایران.
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا (Shefa neuroscience research center)

نشانی اینترنتی http://www.shefayekhatam.ir/browse.php?a_code=A-10-24-23&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده تحقیقات پایه در علوم اعصاب
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات