این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
Iranian Journal of Biotechnology، جلد ۵، شماره ۲، صفحات ۹۳-۹۹
عنوان فارسی
چکیده فارسی مقاله
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Helix Segment Assignment in Proteins Using Fuzzy Logic
چکیده انگلیسی مقاله The automatic assignment of protein secondary structure from three dimensional coordinates is an essential step in the characterization of protein structure. Although, the recognition of secondary structures such as alpha-helices and beta-sheets seem straightforward, but there are many different definitions, each regarding different criteria. We have developed a new algorithm for protein helix assignment, by using fuzzy logic based on backbone torsion angles. In this method, each residue takes a number from 0 to 100 that indicates the helical membership degree of that residue. This method can be converted to a classical method whenever we assume that any residue with a membership degree greater than 83 is a helix. Comparison of the results with structures reported in protein data bank (PDB), dictionary of secondary structure of proteins (DSSP) and structure identification (STRIDE) for 324 proteins indicate that our algorithm works as well as DSSP showing 93% agreement. We believe that the fuzzy secondary structure assignment has more advantages than the other classical approaches used for protein structure comparisons and alignments.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Protein structure,Secondary structure assignment,Fuzzy Logic
نویسندگان مقاله شهریار عرب |
department of bioinformatics, institute of biochemistry and biophysics, university of tehran, p.o. box 13145- 1384, tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک (Institute of biochemistry and biophysics)

فرزاد دیده ور |
institute for studies in theoretical physics and mathematics ipm , niavaran square, p.o. box 19395-5746, tehran, i.r. iran

چنگیز اصلاحچی |
faculty of mathematical sciences, shahid beheshti university, evin, tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه شهید بهشتی (Shahid beheshti university)

مهدی صادقی |
department of biochemistry, national institute of genetic engineering and biotechnology, p.o. box 14155-6343, tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری

نشانی اینترنتی http://www.ijbiotech.com/article_7007_3a01acf822ef17f9a2370bdf78741cdd.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده en
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات