این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
Iranian Journal of Chemistry and Chemical Engineering، جلد ۳۰، شماره ۲، صفحات ۱۳۹-۱۴۶
عنوان فارسی
چکیده فارسی مقاله
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی gpALIGNER: A Fast Algorithm for Global Pairwise Alignment of DNA Sequences
چکیده انگلیسی مقاله Bioinformatics, through the sequencing of the full genomes for many species, is increasingly relying on efficient global alignment tools exhibiting both high sensitivity and specificity. Many computational algorithms have been applied for solving the sequence alignment problem. Dynamic programming, statistical methods, approximation and heuristic algorithms are the most common methods applied to this problem. We introduce gpALIGNER, a fast pairwise DNA-DNA global alignment algorithm. gpALIGNER uses similar score schema with DIALIGN-T to produce the final alignment. It also uses the concept of “spaced seeds” to determine locally aligned subsequences which construct semi-global alignment as the preliminaries of global alignment computation. This enables gpALIGNER to have the precision provided by the DIALIGN-T algorithm in considerably less time and space complexities. We performed benchmarking of our approach based on numerous datasets from standard benchmarking databases and real sequences of NCBI database where gpALIGNER performed three times faster than DIALIGN-T. gpALIGNER is a new alternative for having sensitivity and selectivity of DIALIGN-T but with less computational cost.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله مصطفی هادیان دهکردی | hadian dehkordi
laboratory of systems biology and bioinformatics lbb , institute of biochemistry and biophysics ibb , university of tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک (Institute of biochemistry and biophysics)

علی مسعودی نژاد | masoudi nejad
laboratory of systems biology and bioinformatics lbb , institute of biochemistry and biophysics ibb , university of tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک (Institute of biochemistry and biophysics)

مرتضی محمد mouri | mohamad mouri
department of mathematics, statistics and computer science, college of science, university of tehran, tehran, i.r. iran
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://www.ijcce.ac.ir/article_6294_34cbf3b93476d717c90c7c39e1515702.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده en
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات