این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی، جلد ۳۱، شماره ۱۲۱، صفحات ۶۷-۷۶
عنوان فارسی بررسی همگنی ساختار ژنتیکی در جمعیت گوسفند نژاد زندی با استفاده از داده‌های ژنومی
چکیده فارسی مقاله داده‌های ژنومی می‌تواند ما را به چگونگی شکل‌گیری نژادها و جمعیت‌ها و روند تأثیرگذاری رخدادهای ژنتیکی هرچند کمیاب در گذر زمان رهنمون سازد. از موارد بسیار ارزشمند جهت حفظ ذخایر ژنتیکی که خود موضوعی پر اهمیت تلقی می‌گردد و همچنین بهبود برنامه‌های اصلاح نژادی، پی‌بردن به ساختار ژنتیکی جوامع مورد مطالعه است. جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند زندی واقع در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی تهران از روش آنالیز تفکیکی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) و همچنین از آنالیز مؤلفه‌های اصلی (PCA) استفاده شد .پس از99 رأس گوسفند نژاد زندی خونگیری و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ K50 شرکت ایلومینا صورت گرفت. روش تجزیه‌ی تفکیکی مؤلفه‌های اصلی، به وضوح ساختار ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه و تفکیک حیوانات را در دو گروه نشان داد که می‌تواند ناشی از حساسیت روش DAPC باشد که قادر به بررسی همگنی واریانس در جوامع حیوانی است. در روش DAPC، برای ارزیابی تعداد بهینه‌ی خوشه با معیار BIC، 2=k بهترین نتیجه را نشان داد. بررسی نتایج حاصل جهت حفظ تعداد مؤلفه‌ی اصلی برای آنالیز تفکیکی، 31 مؤلفه‌ی اول را تعداد بهینه‌ی مؤلفه‌ برای مراحل بعدی آنالیز در نظر گرفت. با توجه به اهمیت در نظر گرفتن واریانس درون گروهی و همچنین ساختار ژنتیکی جوامع جهت آنالیزهای مهم ژنومی مشخص شد که روش DAPC در مطالعه‌ی ساختار ژنتیکی گوسفند زندی به دلیل در نظر گرفتن تعداد مؤلفهی بیشتر و متعاقباً افزایش واریانس در نظر گرفته شده نسبت به روش PCA کاراتر می باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله گوسفند زندی، ساختار ژنتیکی جمعیت، PCA، DAPC، تراشه‌های اسنیپ،
عنوان انگلیسی Study of genetic structure homogeneity in Zandi breed sheep population using genomic data
چکیده انگلیسی مقاله Genomic data can lead us to how of breeds and populations forming and process of genetic occurrences effecting even infrequent cases of them at time passage. A very worthy instance to genetic resources preservation that itself is counted an important subject, and improvement of animal breeding plans, is genetic structure discovery of studying populations. For investigation about genetic structure homogeneity in Zandi breed sheep population located in Tehran Zandi sheep breeding station, discriminant analysis of principal components (DAPC) and in inside of this analysis, principal components analysis (PCA) were performed. For this purpose, 99 heads of sheep were bled and genotyped using Illumina SNP chip 50K. Discriminant analysis of principal component obviously showed the genetic structure of studying population and its members separation to two groups that it may be arising from DAPC high sensitiveness that is able to investigate variance homogeneity in animal populations. In DAPC, to evaluate the clusters optimized number using BIC, k=2 was shown as best result. Investigation of results to maintain the number of principal components for discriminant analysis, takes into account that the first 31 components is the optimized number of component for analysis next steps. Re the importance of within group variance contemplating and also populations genetic structure for important genomic analyses, became clear that DAPC in study of Zandi population genetic structure, because that contemplates of more principal component number and subsequently increasing of contemplated variance, is more effective than PCA.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله حمیدرضا کورش‌نیا |
دانش آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

حسین مرادی شهر بابک |
استادیار بخش ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران.

مصطفی صادقی |
دانشیار بخش ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

نشانی اینترنتی http://asj.areo.ir/article_118651_cc7cf3d736700bdb6e5f536a357a2d45.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/953/article-953-1325952.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات