این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، جلد ۱۱، شماره ۲۹، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین‌های حاوی دُمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis
چکیده فارسی مقاله تنش­های غیرزیستی از مهمترین عوامل محدود کننده عملکرد گیاهان زراعی محسوب می­شوند. تحلیل داده­های زیستی به واسطه علم بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژن­ها، ارتباطات و نیز پیشگویی کارکرد آن­ها در پاسخ به تنش­های غیرزیستی دارد. پروتئین­های دارای دُمین ARID-PHD در گیاهان و جانوران شناسایی شده و نقش بسیار مهمی در تنظیم رشد، چرخه سلولی و بیان ژن­های اختصاصی هر بافت دارند. در این تحقیق، توالی مربوط به ناحیه محافظت شده دُمین ARID در پایگاه­های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI در برابر توالی های ثبت شده برای گیاهان مختلف جستجو و در نتیجه آن 10 پروتئین گیاهی حاوی دُمین ARID-PHD یافت شد. گیاهان شامل آرابیدوپسیس، آجیلوپس، براکیپودیوم، سویا، برنج وحشی، برنج ژاپونیکا، ارزن دم روباهی، سورگوم، ذرت و آلوروپوس بود. همردیف سازی توالی­ها، رسم درخت فیلوژنتیکی، بررسی ویژگی­های پروتئینی و الگوی بیان نسبی ژن ARID در گیاه شوری­زی آلوروپوس انجام گرفت. نتایج نشان داد که علاوه بر شباهت توالی­های اسید آمینه، پروتئین­ها نیز به دو گروه گیاهان تک لپه و دو لپه تقسیم شدند. بررسی ساختار و ویژگی پروتئین­ها بیانگر درجه حفاظت بالای پروتئین در گیاهان مختلف بود. بررسی میزان بیان ژن در گیاه آلوروپوس نشان داد که حداکثر تعداد رونوشت­های ژن در اندام هوایی گیاه بوده و این افزایش معنی­دار  بعد از 6 ساعت از اعمال تنش شوری در حداکثر مقدار بوده و تا 24 ساعت بعد از تنش نیز کاهش معنی­داری نشان نداد که بیانگر نقش احتمالی این پروتئین در تحمل گیاه به تنش می­باشد. در بافت ریشه گیاه، میزان بیان ژن نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت. به طور کلی، این مطالعه اولین گزارش در مورد بررسی ویژگی توالی پروتئینی و تغییرات بیان ژن ARID در گیاه هالوفیت آلوروپوس در شرایط تنش بوده و می­تواند به عنوان گام ابتدایی در استفاده از این خانواده ژنی به منظور اصلاح و دست­ورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش­های غیرزیستی به ویژه شوری باشد.  
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی In silico characterization of proteins containing ADID-PHD domain and its expression in Aeluropus littoralis halophyte
چکیده انگلیسی مقاله Abiotic stress results in reduction of crop yields. In this case, Bioinformatic analysis plays an important role to study genes, and their relatedness as well as prediction their function in response to abiotic stresses. Among all domains, ARID-PHD domain has been identified in plants and animals and has a very significant role in growth regulation, cell cycle and expression of specific genes in each tissue. In this study, we looked for the conserved sequences of ARID family in various plant species from NCBI database to evaluate its expression in Aeluropus littoralis. Based on the result, 10 plant involved Arabidopsis thaliana, Aegilops tauschii, Brachypodium distachyon, Glycine max, Oryza brachyantha, Oryza sativa Japonica, Setaria italica, Sorghum bicolor, Zea mays and Aeluropus littoralis that had proteins containing the ARID-PHD domain were identified which is followed by sequences alignment, designing phylogenetic tree, protein characterization and assessment of relative expression pattern of ARID gene in Aeluropus littoralis. In addition, the results showed the similarity between amino acid sequences and proteins were divided into two groups of mono-cotyledon and di-cotyledons. Protein characteristics and structure investigation indicated high degree of conserved sequences in proteins from different plant species. Regarding to gene expression analysis, the maximum level of transcripts belongs to this gene was expressed in the plant aerial tissue after 6 hours of salinity stress and did not show a significant decrease until 24 hours, which probably Suggested the probable role of this protein in plant tolerance to various stresses. Also, in the root, the gene expression was not significantly different from the control treatment, in root tissue. This study was the first report to investigate protein characteristics and changing in ARID gene expression in halophyte plant (Aeluropus littoralis) under salt stress conditions, and could be used as a useful reference to make plants tolerable specifically to salinity in using of this gene family to modify plants to tolerate abiotic stress especially salinity.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله حمیدرضا قربانی | Hamidreza Ghorbani
Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
دانشگاه گیلان

حبیب اله سمیع زاده لاهیجی | Habibollah Samizadeh Lahiji
Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
دانشگاه گیلان

قربانعلی نعمت زاده | Ghorban Ali Nematzadeh
Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University
پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

نشانی اینترنتی http://jcb.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-733-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1462/article-1462-1419945.doc
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده بیوتکنولوژی گیاهی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات