این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۰، شماره ۲۳، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی خوشه بندی تعدادی از ژن های موثر در تولید شیر با استفاده از تئوری اطلاعات و اطلاعات متقابل
چکیده فارسی مقاله نظریه‌ اطلاعات، شاخه‌ای از ریاضیات است. از تئوری اطلاعات در تجزیه و تحلیل های ژنتیکی و بیوانفورماتیکی استفاده گردیده و می‌توان از آن در آنالیز‌های مربوط به ساختارها و توالی‌های زیستی نیز استفاده نمود. در این پژوهش بعد از استخراج توالی DNA ژن ‌و اگزون‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری، فراسنجه آنتروپی در مراتب یک الی چهار برای هر ژن و اگزون‌های هر ژن محاسبه شد. برای استخراج تشابه میان ژن‌ها از یکدیگر، از اطلاعات متقابل بین ژن­ها استفاده گردید. نتایج با استفاده از هفت روش معمول خوشه‌بندی شدند. با توجه به تعدد نتایج، جهت افرایش دقت و تجمیع نتایج حاصل، از الگوریتم آدابوست استفاده گردید. در پایــان جهت تایید نتایج حاصل از آدابوست و پیش بینی عملکرد ژن‌ها و ارتباط بین آن‌ها، با مراجعه به تارگاه GeneMANIA  نتایج بر اساس حاشیه نویسی ژنومی آن‌ها مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. تجمیع نتایج هر خوشه‌بندی که با الگوریتم آدابوست انجام شد و خود نوعی درخت ژنی را تداعی می­کند، نشان داد که روش پیشنهادی برای خوشه‌بندی مجموعه‌ای از ژن‌ها، از نظر زیستی جواب معقولی را حاصل می‌کند چرا که با نتایج حاشیه نویسی ژنومی ژن‌های حاصل در تارگاه GeneMANIA مطابقت داشت. اعتقاد بر این است که روش ارائه شده برای ایجاد درخت ژنی با سایر روش‌های متکی به توالی DNA برای خوشه بندی مجموعه‌ای از ژن‌ها، می‌تواند رقابت نماید و لذا می‌تواند در گروه‌بندی ژن‌های سایر گو‌نه‌ها نیز به کار رود.  
کلیدواژه‌های فارسی مقاله آنتروپی، اطلاعات متقابل، تئوری اطلاعات، خوشه‌بندی ژن، گاو شیری
عنوان انگلیسی Clustering of a number of genes affecting in milk production using information theory and mutual information
چکیده انگلیسی مقاله Information theory is a branch of mathematics. Information theory is used in genetic and bioinformatics analyses and can be used for many analyses related to the structures and sequences. Bio-computational grouping of genes facilitates genetic analysis, sequencing and structural-based analyses. In this study, after retrieving gene and exon DNA sequences affecting milk yield in dairy cattle, the entropy in orders one to four was calculated. In order to extract gene distances, mutual information method was calculated. The results of mutual information of DNA and exon sequences were entered as input into 7 general clustering algorithms. In order to aggregate the results of clustering, AdaBoost algorithm was used. Finally, the results of AdaBoost algorithm were investigated by GeneMANIA prediction server to explore the results from gene annotation point of view. Integrated result of each clustering algorithm due to AdaBoost algorithm, which implied as gene tree, indicated that proposed method biologically grouped set of genes as it was proved by their gene annotation using GeneMANI. We believe that the proposed method might be used with other DNA based clustering competitive methods and therefore, it can be used to group set of genes in other species.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله هوشنگ دهقان زاده | Houshang Dehghanzadeh
Guilan Agricultural and Natural Resources Research and Education Center
مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گیلان

سید ضیاء الدین میرحسینی | Seyed Ziaeddin Mirhoseini
University of Guilan
دانشگاه گیلان

مصطفی قادری زفره‌یی | Mostafa Ghaderi-Zefrehei
University of Yasouj
دانشگاه یاسوج

حسن توکلی | Hassan Tavakoli
University of Guilan
دانشگاه گیلان

سعید اسماعیل خانیان | Saeid Esmaeilkhaniyan
Animal Science Research Institute of Iran
موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-921-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد طیور
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات