این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۳، شماره ۲، صفحات ۱۳-۲۰
عنوان فارسی پیشگویی ساختار دوم RNA مبتنی بر روش اکتشافی
چکیده فارسی مقاله RNAها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد RNA به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای RNA مسئله‌‌‌‌ای اصلی در زمینه‌ی زیست‌شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم‌‌‌‌هایی برایپیش‌گویی ساختار دوم RNA ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش‌گویی دقیق ساختار دوم RNA بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت‌‌‌‌بازهای مجاورارائه می‌‌‌‌دهیم. این الگوریتم برپایه‌‌‌‌ی روش اکتشافی است که از یک ماتریسنقطه‌‌‌‌ایبرای نشان‌‌‌‌دادن همه‌ی جفت­بازهای ممکنRNAاستفاده می‌‌‌‌کند. سپس استم‌‌‌‌ها1 از ماتریس‌‌‌‌نقطه‌‌‌‌ای استخراج می‌‌‌‌شوند و براساس طولشان به ترتیب نزولی و سپس استم‌‌‌‌های با طول برابر براساسمیزان انرژی آزاد به ترتیب صعودی مرتب می‌شوند. سرانجام استم‌‌‌‌ها به‌ترتیب برای تشکیل ساختار دوم انتخاب می‌‌‌‌شوند. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از داده‌‌‌‌ها از جمله CopA، CopT، R1inv، R2inv، Tar، Tar*، DIS، IncRNA54 و RepZ در باکتر‌‌‌‌ی‌‌‌‌ها اجرا می‌‌‌‌گردد. نتایج آزمایش‌ها دقت بالای الگوریتم پیشنهادی را که 71/95 درصد است، نشان می‌‌‌‌دهد. این الگوریتم در زمانکمتری نسبت به سایر روش‌ها اجرامی‌شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله کمینه‌ی انرژی آزاد، جفت‌‌‌‌باز، ماتریس نقطه‌‌‌‌ای، استم،
عنوان انگلیسی RNA Secondary Structure Prediction Using Heuristic Algorithm
چکیده انگلیسی مقاله RNAs play a fundamental role in many biological and medical processes and the activity of RNA is directly dependent to itsstructure. Designing RNA structures is a basic problem in biology that is important in the treatment and nanotechnology. In this regard, some algorithms have been formed to predict RNA secondary structure. In this paper, we present an algorithm to accurately predict RNA secondary structure based on minimum free energy and maximum number of adjacent base pairs. This algorithm stands on a heuristic approach, which employs a dot matrix representation of all possible base pairs in RNA. Afterward, stems are extracted from the dot matrix and decreasingly sorted based on their length. Then the stems with equal length are increasingly sorted according to the free energy. Finally, the stems are orderly selected to form RNA secondary structure. The proposed algorithm is performed on some datasets containing CopA, CopT, R1inv, R2inv, Tar, Tar*, DIS, IncRNA54, and RepZ in the bacteria. Experimental results showed high accuracy of 95.71% of the proposed algorithm. This algorithm is run in lower computational time in comparison to the other similar approaches.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Minimum free energy, Base pair, Dot matrix, Stem
نویسندگان مقاله سهیلا منتصری |
دانشگاه تربیت مدرس
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تربیت مدرس (Tarbiat modares university)

نصرالله مقدم چرکری | moghadam charkari
دانشگاه تربیت مدرس
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تربیت مدرس (Tarbiat modares university)

فاطمه زارع میرک آباد | zare mirakabad
دانشگاه صنعتی امیرکبیر
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه صنعتی امیرکبیر (Amirkabir university of technology)

نشانی اینترنتی http://biot.modares.ac.ir/article_11410_1e4e6ca0b001347aeef54d3be66a9f3f.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/899/article-899-187103.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات