این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۴، شماره ۱، صفحات ۸۵-۸۸
عنوان فارسی شناسایی ایندل‌ها در ژنوم سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی‌یابی کل ژنوم
چکیده فارسی مقاله حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی‌های تک نوکلئوتیدی و تنوع‌های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. به‌منظور شناسایی ایندل‌های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، 5/287 گیگابایت داده حاصل از توالی‌یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان‌های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش X 16 و درصد همپوشانی 47/99 با ژنوم مرجع سگ آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل‌‌‌های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بیش از سه میلیون ایندل (باز 73-1) حاصل شد. اکثر ایندل‌ها (18/95 درصد) کوچک‌تر از 10 باز بودند. مقایسه نتایج مستند‌سازی ایندل‌های ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد ایندل‌های ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (RNA utr ʹ3) در سگ بیش‌تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی‌سازی احتمالاً سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه RNA (utrʹ3) شده‌است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله اهلی‌سازی سگ ایندل ژن آنتولوژی گروه‌های عملکردی
عنوان انگلیسی Detection of deletions and insertions in genome of Iranian dogs and wolves with the method whole genome sequencing
چکیده انگلیسی مقاله Insertions and deletions (INDELs) are one of the main events contributing to genetic and phenotypic diversity, which have received less attention than SNPs and large structural variations. A total of 287.5 GB of data resulting from whole genome sequencing of six dog and wolf genomes with mean depth and coverage (percentage of mapping to genome reference) of 16X and 99.47, respectively, were analyzed to detect INDELs and assessment of their related functional groups, More than three million INDELs (1-73 bp) were detected. In this study, powerful algorithm (HaplotypeCaller) was used to increase precision and accuracy of detected INDELs. Most of the INDELs (95.179.9%) were smaller than 10bp. Results of INDELs annotation showed that the percentage of INDELs in exon and 3´ utr regions in dog genome was more than that in wolf genome, indicating that the domestication process has targeted the genomic variation in the exon and utr'3 regions.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Domestication dog, functional groups, gene ontology, INDELs
نویسندگان مقاله زینب امیری قنات‌سامان | Z Amiri Ghanatsaman


علی اسمعیلی‌زاده کشکوئیه | A Esmailizadeh Koshkoiyeh


مسعود اسدی‌فوزی | M Asadi Fozi


نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-1-13&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1516/article-1516-1943914.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک جانوری
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی کوتاه
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات