این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی ایران، جلد ۴۶، شماره ۳، صفحات ۲۷۷-۲۸۷
عنوان فارسی بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
چکیده فارسی مقاله رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالی‌یابی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده‌کاوی است، برای بررسی ساختار جوامع شبیه‌سازی‌شده و کشف خرده‌جوامع موجود استفاده شد. هدف از به‌کاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچ‌گونه آگاهی از اطلاعات شجره‌ای افراد بود. در شبیه‌سازی انجام‌گرفته بدین منظور پس از ویرایش داده‌ها، 29209 نشانگر اتوزومی از 159 دام، تجزیه‌وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهت‌ها و تفاوت‌ها به‌خوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خرده‌جوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند. مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرض‌های پیشین در آن است؛ بنابراین به محقق این امکان را می‌دهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه‌وتحلیل کند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Unsupervised clustering analysis of population and subpopulation structure using dense SNP markers
چکیده انگلیسی مقاله High through put sequencing of single nucleotide polymorphisms (SNP) has revolutionized the fine scale analysis of the population structure in different species. Various methods have been proposed and used for the study of population structure using whole-genome marker data that each has advantages and disadvantages with respect to their characteristics. Super Paramagnetic Clustering (SPC) which is based on data mining was used in this study in order to investigate the population and sub-population structures in simulated populations. The purpose of applying this method was to achieve population structure without using any information from ancestral population. After editing the data, 29209 autosomal markers from 159 animals were analyzed. The results showed that animals are placed properly in their respective population and sub-populations based on their similarities and dissimilarities. The main advantages of this method are the computational efficiency and not requiring any prior assumptions. Therefore, it might be used to analyze the data from thousands of animals without any pedigree and ancestry information to reveal their population structure.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله جواد رحمانی نیا | rahmani nia
دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

سید رضا میرایی آشتیانی | seyed reza mirai ashtiani
استاد، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

حسین مرادی شهربابک | moradi shahrbabak
استادیار، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://ijas.ut.ac.ir/article_56422_d56a1140c8a269e93dd21e0ccdd90cd9.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/954/article-954-194647.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات