این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۲، شماره ۴، صفحات ۵۰۷-۵۱۶
عنوان فارسی مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک RNA-Seq
چکیده فارسی مقاله تنش شوری یکی از مهم‌ترین تنش‌های محیطی است که منجر به کاهش رشد و عملکرد گیاهان زراعی می‌شود. برای زنده ماندن در چنین شرایطی، گیاهان باید بتوانند به سرعت به تنش شوری پاسخ دهند. مطالعات مولکولی در گیاهان مختلف نشان می‌دهد که این مکانیسم شامل شبکه‌های پیچیده‌ای از تنظیم بیان ژن است. یکی از غلات مهم زراعی که به‌عنوان گیاهی متحمل به شوری در بین خانواده گندمیان شناخته می‌شود گیاه جو می‌باشد. این تحقیق به‌منظور مقایسه الگوی بیان ژن‌های پاسخ دهنده به تنش بلند مدت شوری در رقم افضل، یکی از ارقام مقام جو کشور، انجام شد. به‌منظور اعمال تنش شوری، از آب‌شور حاصل از NaCl با EC حدود 12 دسی زیمنس بر متر برای آبیاری استفاده شد. RNA گیاه جو با کیت Trizol از گیاهان تحت تنش شوری و کنترل استخراج و سپس کتابخانه‌های cDNA تهیه و توالی‌یابی با استفاده از پلت فرم Illumina/HiSeq انجام شد. تجزیه‌های RNA-Seq با استفاده از پکیج systemPipeR، انجام شد. نتایج مقایسه بیان ژن نشان داد پس از اعمال تنش شوری 683 ژن با FC >1.5 و FDR< 0.05 به‌طور معنی‌داری تغییر بیان یافتند. تجزیه‌های بیوانفورماتیک نشان داد که ژن‌های تغییر بیان یافته در ارتباط با فرایندهای مختلفی همچون تبادل آنیون، فعالیت آنتی‌پورترها، ترانسپورترهای یون سدیم، انتقال یون‌های فلزی توسط فعالیت حامل‌های ترانس ممبران، فعالیت گزارشگر ترانس ممبران و طیف وسیعی از آبشارهای کینازی و فسفاتازی می‌باشند. حجم زیاد اطلاعات به‌دست آمده در این تحقیق می‌تواند به‌عنوان منبع اطلاعاتی ارزشمند در مطالعات آتی به‌منظور دستورزی‌های ژنتیکی گیاه جو و تولید ارقام متحمل به شوری استفاده شد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله افضل،ترانسکریپتوم،جو،شوری، RNA-Seq
عنوان انگلیسی Differential gene expression analysis on Afzal genotype of barley due to long-term salinity stress by RNA-Seq
چکیده انگلیسی مقاله Salt stresse is one of the most important environmental stresses, which limits plant growth and development. To survive under such conditions, plants must be able to sense and respond rapidly. Molecular studies on various plants show that these events involve complex networks of gene regulation and gene expression. Barley is one of the important crop in Triticeae plants that is tolerant in saline condition. The aim of this study is comparing gene expression patterns in that response to salinity in Afzal cultivar, one of the resistant cultivar in Iran. RNA was extracted using Trizol kit from plants under treated and control condition. RNA libraries was prepared and sequencing was done using Illumina/HiSeq platform. RNA-Seq analysis was performed using systemPipeR package. Results show that in comparative differential gene expression analysis between saline and control condition 683 genes had significant changes with FDR< 0.05 and FC>1.5. Bioinformatics analysis show that these genes are related to different pathway including anion ion exchanger, sodium ion transport, transition metal ion transmembrane transporter activity, protein serine/threonine phosphatase activity and lots of phosphatase activity. These large amount of achieved data can be used as a valuable information in future studies in aim of genetic manipulation in order to produce salt-tolerant cultivar.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Afzal, ,barley, salinity, ,transcriptome, ,RNA-seq
نویسندگان مقاله فرزانه کوهزادی | فرزانه کوهزادی


محمد فارسی | محمد فارسی


عبدالرضا باقری | عبدالرضا باقری


منصور امیدی | منصور امیدی


توماس گیرکی | توماس گیرکی


هوشنگ علیزاده | هوشنگ علیزاده


نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-109-512&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1516/article-1516-1988655.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات