این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۲، شماره ۳، صفحات ۳۷۷-۳۸۷
عنوان فارسی آنالیز فنوتیپی و فیلوژنتیک مولکولی باکتری Bacillus subtilis MJ۰۱ با استفاده از روش های مختلف بر پایه ژنومیکس مقایسه ای
چکیده فارسی مقاله باکتری گرم مثبتBacillus subtilis MJ01 از خاک‌آلوده به نفت میدان نفتی پازنان به‌منظور استخراج سورفکتین و بهره‌برداری از آن در فرآیند ازدیاد برداشت نفت جداسازی شد. جهت درک بهتر تفاوت‌های این نژاد با سایر باکتری‌های خویشاوند آن‌، ژنوم این باکتری توالی‌یابی شد.تجزیه و تحلیل ژن 16SrRNA نژاد MJ01 را در کلاستر Bacillus subtilis قرار داد که با نژاد spizizenii TU-B-10 در یک گروه قرار می‌گیرد. نتایج حاصل از تایپینگ توالی چند لوکوسی (MLST) هفت ژن خانه‌دار در نژادهای B. subtilis چهار لوکوس ژنی جدید و در یک لوکوس وراونگی کامل را تایید نمود و نشان داد که این باکتری مشابهت زیادی با الگوی پروفایل MLST با زیرگونه spizizenii BGSC3A17 دارد. تجزیه میانگین یکسانی نوکلئوتید بر اساس BLAST (ANIb) با 12 نژاد دیگر از B. subtilis نشان داد که ارتباط نزدیکی با سه زیر گونه spizizenii شامل TU-B-10 (13/99 درصد)، NRS231 (52/96 درصد) و W23 (52/96 درصد) دارد. هم‌چنین بر اساس تجزیه انجام شده مشخص شد این باکتری ارتباط نزدیکی با باکتری Jeotglibacillus marinus DSM 1297 دارد. جهت پیش‌بینی لیپوپروتئین‌های غیرریبوزومی و ناحیه اپرانی سورفکتین و نواحی محافظت شده اطراف آن از ابزار آنلاین AntiSMASH استفاده شد. مقایسه این اپران و نواحی اطراف آن با ژنوم سایر نژادهای خویشاوند B. subtilis MJ01 مشخص کرد که این باکتری از نظر توالی اپران سورفکتین در گروه باکتری‌های زیر گونه spizizenii قرار می‌گیرد. به‌طور خلاصه، تجزیه تلفیقی فیلوژنی و همولوژی DNA با استفاده از ابزارهای ژنومیک مقایسه‌ای این فرضیه را که باکتری نژاد MJ01 علی‌رغم تفاوت‌های خاص نژاد عضوی از گروه باکتری‌های زیر گونه spizizenii باشد را تقویت نمود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Phenotype and molecular phylogenetic analysis of Bacillus subtilis MJ01 using different methods based on comparative genomics
چکیده انگلیسی مقاله A gram-positive bacterium Bacillus subtilis MJ01 strain was isolated from crude oil contaminated soil, Pazanan oil field in Khuzestan province, in order to produced surfactin and applied as microorganism enhanced oil recovery(MEOR). The primary research on this strain revealed that chemical and characteristics its surfactin was different among other surfactin variants. In the next step, whole genome sequencing of MJ01 strain was designed due to better understanding about variation of this strain and other close relative bacteria. The 16SrRNA genes analysis categorized MJ01 strain in Bacillus subtilis cluster close to spizizenii TU-B-10 strain in the same group. Multi-locus sequence typing(MLST) results was confirmed four of seven housekeeping genes in B. subtilis family were new mutant loci and one of them was inverted-competently in MJ01 genome. These results were shown that MJ01 MLST profile template have high similarity with spizizenii BGSC3A17 strain. ANIb (Average Nucleotide Identity based on BLAST) analysis with 12 close related genomes demonstrated that this strain has high identity to three spizizenii subspecies strains include TU-B-10 (99.13), NRS 231(96.52) and W23(96.52). Also based on ANI analysis revealed that it was closely related with Jeotglibacillus marinus DSM 1297. Non-ribosomal lipoprotein prediction online tools were used for located surfactin operon and flanking regions in MJ01 genome. Comparison of this operon and flanking region with other close related B. subtilis complete genome indicated that MJ01 placed in the spizizenii subspecies group. In summary, integrative phylogeny analysis and DNA homology using comparative genomics approaches supported that MJ01 to be included as a member of spizizenii subspecies group, although MJ01 have some specific strain differences.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله تورج رحیمی | تورج رحیمی


علی نیازی | علی نیازی


سید محسن تقوی | سید محسن تقوی


اسماعیل ابراهیمی | اسماعیل ابراهیمی


شهاب آیت اللهی | شهاب آیت اللهی


طاهره دیهیمی | طاهره دیهیمی


نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-109-499&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1516/article-1516-1988674.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات