این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۰، شماره ۴، صفحات ۵۰۷-۵۷۸
عنوان فارسی شناسایی همولوگ ژن Fol-SIX۱ در ژنوم Fusarium oxysporum f. sp. melonis
چکیده فارسی مقاله درطی فرآیند بیماری‌زایی، عاملFusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) پروتئین اثرگذاری به‌نام SIX1 را درون آوند گیاه گوجه‌فرنگی ترشح می‌کند. در ارقام مقاوم گوجه‌فرنگی که حامل ژن مقاومتی I-3 هستند، پروتئین اثرگذار SIX1 نقش یک فاکتور غیربیماریزایی را ایفا می‌کند. هومولوگ ژن SIX1 از برخی فرم‌های تخصصی دیگر F. oxysporum گزارش شده‌است. تاکنون حضور این ژن در فرم ‌اختصاصیF. oxysporum f. sp. melonis (Fom) تایید نشده‌است. این بیمارگر از مهمترین عوامل کاهش عملکرد، در ارقام ملون در سراسر جهان از جمله ایران و به خصوص استان خراسان است. شناسایی ژن‌های اثرگذار در Fom می‌تواند تولید ارقام مقاوم به این بیماری را تسهیل‌کند. در مطالعه حاضر ابتدا از روش‌های بیوانفورماتیکی برای شناسایی همولوگ ژن اثرگذارSIX1 در ژنوم Fom استفاده‌شد. توالی پروتئین Fol-SIX1 در پایگاه داده‌ WGSFOM با استفاده از ابزار tBLASTN و با حد e-value 0.1 جستجو شد. چهار توالی به هم‌پیوسته (کانتیگ) شناسایی شد که فقط یکی از آن‌ها هم‌پوشانی و شباهت قابل‌قبولی را با Fol-SIX1 دارا بود. توالی به‌هم پیوسته موردنظر بازیابی و ORFهای ممکن با نرم‌افزار VectorNTi پیش‌بینی شد. نتایج نشان ‌داد که توالی ORFژن مفروض بر روی رشته آنتی‌سنس قرار داشته و پروتئینی به‌طول 283 اسیدآمینه را کد می‌‌کند و بیشترین شباهت را با پروتئین Fol-SIX1 دارد. پیش‌بینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+صورت گرفت. در ادامه ژن فوق در دو نژاد Fom، توسط یک جفت آغازگر اختصاصی داخلی ردیابی شد. سپس طول کامل ژن با یک جفت آغازگر خارجی توالی‌یابی و توالی آن با توالی‌های همولوگ خود مقایسه شد. در این مطالعه برای نخستین ‌بار همولوگ پروتئین اثرگذارFol-SIX1 در ژنوم Fom شناسایی و Fom-SIX1 نامیده‌شد. مطالعه پروتئین Fom-SIX1 جدید نشان داد که ژن مفروض Fom-SIX1 قابلیت کد کردن یک پروتئین کوچک ترشحی غنی از سیستئین و پایدار در محیط خارج سلولی را داراست که فاقد دمین شناسایی شده بوده و با خصوصیات ذکر شده برای پروتئین‌های اثرگذار کاملا منطبق است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله همولوگ،Fol-SIX1،Fusarium oxysporum f. sp. Melonis،پروتئین ترشحی
عنوان انگلیسی Identification of the Fol-SIX1 gene homolog in the genome of Fusarium oxysporium f. sp. melonis
چکیده انگلیسی مقاله ecreted-in-xylem1 (SIX1) secreted by Fusarium oxysporum f. sp. Lycopersici (Fol) during infection of tomato plants and plays a critical role as Avr (avirulence) gene in the interaction between the Fol and Tomato lines harboring I-3 resistant gene. SIX1 homologues genes are reported from some of F. oxysporum forma especials but steel presence of SIX1 in F. oxysporum f. sp. melonis (Fom) is unknown. Fom which infects melon cultivars causes important yield losses in melon (Cucumis melo L.) crops worldwide including Iran and specially Khorasan area. Identification of the effector genes in Fom could facilitate breeding procedures of resistant melon lines. In this study, to finding the SIX1 homolog in Fom, we initially aimed bioinformatics based approaches. The Fol-SIX1 protein sequence searched in the WGS data bank of Fom using tBLASTn tools with E-value cut off of 10. Four contigs have been identified that only one of them showed good coverage and similarity with Fol-SIX1. Sequence of the contig was extracted and putative ORFs have been predicted using vector NTi. ORF lined on antisense strand codes a protein with 283 amino acids and showed highest similarity with Fol-SIX1. Prediction of the gene structure preformed using FGENESH tools. In order to detect Fom- SIX1 in two isolate of Fom, we used a pair of internal specific primers. The entire nucleotide sequence of the gene was determined by a pair of external primers and compared with homologous sequences. In this study, we identified for the first time, homolog of Fol-SIX1 in the genome of Fom. We named this putative gene Fom-SIX1. This new gene encodes a protein harboring a signal peptide, eight cysteine residues and four disulfide bond connectivity which could make it considerable as a putative effector.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله فرهاد شکوهی‌فر | فرهاد شکوهی‌فر


الهه ربیعی مطلق | الهه ربیعی مطلق


نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-109-388&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1516/article-1516-1988787.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات