این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۰، شماره ۴، صفحات ۵۵۷-۵۶۶
عنوان فارسی کاوش کتابخانه‌های شوری (EST) آلوروپوس لیتورالیس به منظور شناسایی نشانگرهای ریزماهواره
چکیده فارسی مقاله ترادف‌های ثبت شده در پایگاه داده EST بانک ژن، منبع با ارزشی برای کشف ریزماهواره در مناطق عملکردی ژنوم می‌باشند. این توالی‌ها فرصت کشف ژن‌های جدید را داده، همچنین منبعی برای توسعه نشانگرها می‌باشند. برخلاف نشانگرهای ریزماهواره ژنومی (غیرکدکننده-gSSR )، نشانگرهای ریزماهواره EST (EST-SSR) به طرز موثری با صرف زمان و هزینه کمتر، از ترادف‌های رایگان کتابخانه‌های EST استخراج شده و کارایی خوبی دارند. در این تحقیق با استفاده از کتابخانه ترادف‌های EST در گراس شورزی آلوروپوس لیتورالیس و تجزیه بیوانفورماتیک، موتیف‌های ریزماهواره شناسایی شد و بر اساس آن 16 نشانگر با چند شکلی مناسب (ALES)، برای بررسی‌های ژنومی معرفی شد. نتایج نشان داد که تعداد ریزماهواره در نواحی کد کننده در این گیاه زیاد (7/6 درصد) و مشابه با گیاه برنج (7/4 درصد) است. همچنین موتیف‌های tg، (gcg- gaa) و ttga بیشترین انواع موتیف ریزماهواره را در بانک اطلاعاتیEST گونه لیتورالیس تشکیل می‌دهند. شاخص میزان اطلاعات چندشکلی (PIC) برای نشانگرهای مورد بررسی بین 27/0 و 37/0 با میانگین 32/0 محاسبه شد که بیشترین مقدار به نشانگرهای ALES (1،3 ،11 ،13 و 15) تعلق داشت. براین اساس میانگین ضریب فاصله (جاکارد) برای نمونه‌های مورد بررسی 55/0 به دست آمد. تجزیه خوشه‌ای اکوتیپ‌های آلوروپوس را در شش گروه قرار داد. این نتایج نشان می‌دهد که درصد تنوع زیادی در نواحی کدکننده ژنوم گونه آلوروپوس لیتورالیس وجود دارد. از این اطلاعات می‌توان در آینده برای غنی‌سازی مخزن ژن‌های مقاوم به شوری و ارزیابی ژرم پلاسم استفاده کرد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله آلوروپوس لیتورالیس ،بیوانفورماتیک،ریزماهواره،EST-SSR
عنوان انگلیسی Exploring the EST libraries for developing microsatellite markers in Aeluropus littoralis
چکیده انگلیسی مقاله EST sequences recorded in the Gene bank database are an important source for microsatellite discovery in coding genome. These sequences give us the opportunity to discover new genes, as well as a resource for development of markers. Unlike genomic microsatellite markers (non-coding), EST-based microsatelite markers (EST-SSR) are effectively extracted from free publicly EST libraries with less time and expense and show the good performance. In this research using the halophyte grass, Aeluropus littoralis EST library and insilico analysis microsatelite motifs were identified and based on that 16 polymorphic markers (ALES), was developed for genomic studies. The results showed that in this plant (6.7%), such as rice (4.7%), there is a high rate of microsatellite in the coding regions. Also, tg, (gcg- gaa) and ttga motifs constitute the major variety of SSR motifs in a set of Aeluropus EST records. The polymorphism information content (PIC) values ranged from 0.27 to 0.37 with an average of 0.32 that higher values goes to ALES number 3,1,11,13 and 15. An average similarity coefficient (Jaccard) between samples was reached to 55%. These results suggest a great genetic variability in genomic coding regions of A. littoralis plant. Finally, cluster analysis grouped the A. littoralis ecotypes into six groups.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله مریم میدانسری | مریم میدانسری


قربانعلی نعمت زاده | قربانعلی نعمت زاده


احسان شکری | احسان شکری


نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-109-400&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1516/article-1516-1988791.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات