این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۵، شماره ۱۰، صفحات ۱۶۶-۱۷۸
عنوان فارسی بررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی
چکیده فارسی مقاله دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می­باشند. صفات تولید­مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت­های عمده می­باشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدم­تعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تک­نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دو­قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه­های خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همراه با داده­های فنوتیپی مرتبط به صفات زایش و رشد متعلق به دو گله از ایستگاه تحقیقاتی عباس­آباد تهیه شد. نمونه­ها با استفاده از ریز­آرایه­های نانویی گوسفندی ( 50K ) تعیین ژنوتیپ شدند. با استفاده از نرم­افزار PLINK ماتریس خویشاوندی IBS و هاپلوتیپ­ها برای افراد محاسبه و مطالعه ارتباط هاپلوتیپ­ها برای نرخ دو­قلوزایی برای 4 شکم زایش با در نظر گرفتن بعد اول آزمون MDS و اثر گله به­عنوان متغیر کمکی انجام شد. برای کنترل نرخ اشتباه در سطح خانواده، از تصحیح بنفرونی استفاده شد. ارتباط معنی­دار پیشنهادی برای هاپلوتیپ­ها روی کروموزوم­های 1، 10 و 15 شناسایی شد. مقدار عدم تعادل لینکاژی با استفاده از آماره r2 بین تمام جفت لوکوس ها محاسبه شد.. در فاصله کمتر از 10 Kb میانگین r2 برابر 33/0 بوده و برای نشانگرهای با فاصله 200 تا 500 کیلو باز میانگین r2 086/0 بود. مقدار عدم نعادل لینکاژی در گوسفند بلوچی نسبت به آنچه در گاو شیری گزارش شده کمتر بوده و مشابه دیگر جمعیت­های کوسفند می باشد. مطالعه بیشتر این نواحی در شناسایی ژن­های کاندید دوقلوزایی در گوسفند کمک شایانی خواهد نمود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله دو قلوزایی، گوسفند، LD ، هایپلوتیپ، پویش ژنومی
عنوان انگلیسی Linkage Disequilibrium Estimation and Haplotype Based Genome-Wide Association to Detect QTLs Affecting Twinning Rate in Baluchi Sheep
چکیده انگلیسی مقاله Twinning trait is an important trait in sheep breeding. Reproductive traits differ greatly across sheep breeds, but also between sheep in a single flock. Identification of ewes with higher twinning rate and more raised lambs per year is an important parameter for breeding and farming success. A genome-wide haplotype association study, using 42,416 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) was conducted to identify genomic regions affecting twinning rate in Baluchi sheep. We also studied LD patterns in this population. Blood samples from a total of 96 sheep from two herds and data on their twinning rate during the first four parities were collected. Animals were genotyped using the IlluminaOvineSNP50K BeadChip assay. Genetic stratification and herd effect were included as confounding effects and fitted into the statistical analyses. Haplotype based GWAS for twinning was performed with the first MDS component and herd effect as covariates. To control the Association with twinning rate was tested using the software PLINK. Suggestive associations were identified for SNP on chromosomes 1, 10 and 15. LD was evaluated by measuring r2 between all pairs of loci. For SNPs up to 10 kb apart, the average r2 was 0.33, for SNPs separated by 200–500 kb the average r2 was 0.086. The extent of LD in Baluchi sheep extends over much more limited distances than reported in dairy cattle and seems to be similar to other ovine populations. Further studying of these regions in validation studies will help the identification of candidate genes for twinning rate in sheep.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Twining, Sheep, LD, Haplotype, Genomic wide association
نویسندگان مقاله محسن قلی زاده |


قدرت رحیمی میانجی | rahimi mianji


اردشیر نجاتی جوارمی | nejati javaremi


نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-93&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1370/article-1370-238965.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده تخصصی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات