این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۱۲، شماره ۴، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی شبیه سازی دینامیک مولکولی تغییرات ساختاری پروتئین اسپایک کووید-۱۹ در مواجهه با پپتید ضدمیکروبی -clfA
چکیده فارسی مقاله درسال2019 گونه جدیدی از کروناویروس ها در سراسر جهان شایع شد و تاکنون واکسنی که بتواند به طور کامل ایمنی ایجاد نماید تولید نشده است. پروتئین اسپایک کووید19 عامل مهم بیماریزایی آن می باشد. هدف از پژوهش حاضر بررسی اثر پپتید مهندسی شده‌ی لاکتوفرین شتری به نام  clfA- علیه دومین RBD پروتئین اسپایک کووید19است. داکینگ مولکولی پپتید-clfA و پروتئین اسپایک در سرور آنلاین ClusPro2.0 اجرا شد. به منظور بررسی رفتار برهمکنش آنها در زمان های مختلف، مرحله شبیه سازی دینامیک مولکولی در نرم افزار GROMACS2016.4 در مدت زمان 50 نانوثانیه تحت میدان نیروی GROMOS54a7 اجرا شد. نتایج نشان داد پپتیدclfA- به ناحیه هدف اتصال قوی و پایدار برقرار کرده است و ساختار پروتئین اسپایک به سمت ناپایداری رفته است. با از هم باز شدن پیچ خوردگی های پروتئین و افزایش سطح قابل دسترس با حلال مشخص شد که پروتئین در اثر پپتیدclfA- انعطلف پذیرتر و ناپایدارتر شده است. نتایج این پژوهش نشان داد که پپتید clfA- توانست ویژگی های عملکردی این پروتئین را کم یا از بین ببرد. پس می تواند به عنوان یک کاندید مناسب برای مهارکنندگی دومین RBD کرونا ویروس باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله کلمات کلیدی، پروتئین اسپایک،پروتئین لاکتوفرین شتری،کووید19،پپتید clfA-،دومین RBD
عنوان انگلیسی Molecular dynamics simulation of structural changes in covid-19 Spike protein in response to clfA- antimicrobial peptide
چکیده انگلیسی مقاله In 2019, a new strain of coronavirus spread around the world, and so far no vaccine has been developed that can provide complete immunity. Covid19 spike protein is important pathogens. The aim of the present study was to investigate the effect of engineered camel lactoferrin peptide called clfA- against the RBD domain Covid19 spike protein. Molecular docking of clfA- peptide with spike protein was performed on the ClusPro2.0 online tools. In order to investigate their interaction behavior at different times, the molecular dynamics simulation was performed in GROMACS2016.4 software for 50 ns under the GROMOS54a7 force field. The results showed that the clfA-peptide was strongly attached to the target region and the hydrogen bonds were increasing to the end of the simulation and the structure of the spike protein was unstable. By the unfolding and increasing the Solvent Accessible Surface, it became clear that the protein had become more flexible and unstable due to the interaction with clfA-peptide. The results of this study showed that clfA-peptide was able to reduce or eliminate the functional properties of this protein. So it can be a good candidate to inhibit the RBD domain of corona viruse
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Keywords, Covid 19,Spike protein,camel lactoferrin,clfA- peptide,RBD domain
نویسندگان مقاله عاطفه پاکنفس | atefe paknafs
student of Ferdowsi university of Mashhad
دانشجوی دانشگاه فردوسی مشهد

مجتبی طهمورث پور | mojtaba tahmoorespur
Professor of animal science, Faculty of agriculture, Ferdowsi university of Mashhad.
استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

نشانی اینترنتی http://biot.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-62458-1&slc_lang=fa&sid=22
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات