این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ژنتیک نوین، جلد ۱۶، شماره ۱، صفحات ۷۳-۸۳
عنوان فارسی شناسایی و تأیید miRNAهای جدید مشترک در گندم نان و گونه های مختلف اجیلوپس با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی و Real time PCR
چکیده فارسی مقاله گندم نان یکی از غلات مهم است که به طور وسیع در جهان کشت می­شود. miRNA­ها یک نوع از RNA­های کوچک تنظیمی هستند که حدود 18-22 نوکلئوتیدی بوده و می­توانند به­ عنوان یک ابزار اصلاحی جدید در بهبود ژنتیکی گیاهان عمل کنند. با توجه به اینکه بسیاری از miRNA­ها از نظر تکاملی در بین قلمرو گیاهان و جانوران محافظت­ شده هستند، استفاده از ژنومیکس مقایسه­ای­ و روش­های محاسباتی برای شناسایی miRNA­ها، بسیار مورد توجه است. در این مطالعه شناسایی miRNA بالقوه جدید در گندم نان مورد­نظر بود و از یک روش جستجوی مبتنی بر تشابه روی EST برای اینکار استفاده شد. بدین منظور miRNA­های شناخته شده گیاهی به عنوان مرجع در برابر EST­های گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالی­های کد کننده پروتئین توسط BLASTx شناسایی و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانویه مورد بررسی قرار گرفت و سپس miRNA­های کاندید در پایگاه اطلاعاتی Rfam بررسی شدند. در نهایت سه miRNA جدید با استفاده از این روش شناسایی شد که از نظر توالی، مشابه miRNA­های شناخته­ شده در اجیلوپس تائوشی بودند. به­منظور  تأیید وجود آنها در گندم و گونه­ های اجیلوپس حاوی ژنوم D شامل تائوشی، سیلندریکا و کراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهایت وجود توالی myseq2 در ساقه گیاهان مورد مطالعه تأیید شد. شناسایی ژن­های miRNA تأیید­شده نشان داد که بیشتراین ژن­ها مانند RGA، PIK و NB-ARC روی مقاومت به بیماری­های مختلف تأثیر داشته و برخی نیز در مقاومت به تنش­های غیر­زیستی از جمله تنش خشکی و شوری نقش داشتند. نتیجه تحقیق تأیید کرد که روش­های محاسباتی ابزار مناسبی برای پیش­بینی miRNA­های کاندید می­ تواند باشد که سبب صرفه ­جویی در وقت و هزینه شناسایی miRNA­ها می­شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله اجیلوپس، روش محاسباتی، ژنومیکس مقایسه‌ای، میکرو آر ان ا، qRT-PCR
عنوان انگلیسی Identification and confirmation of new common miRNAs in bread wheat and different Aegilops species by bioinformatics approach and Real time PCR
چکیده انگلیسی مقاله Bread wheat is one of the most important cereals widely cultivated in the world. miRNAs are a type of small regulatory RNAs that have about 18-22 nucleotides long and can use as a novel breeding tool for plant genetic improvement. Because miRNAs are evolutionarily conserved between plant and animal kingdoms, the use of comparative genomics and computational methods to identify miRNAs is interesting. In this study, the goal was to identify potential new miRNAs in bread wheat by EST-based similarity search method. For this purpose, known plant miRNAs were used as reference against wheat ESTs and BLASTn was performed. Then, protein coding sequences were identified and deleted by BLASTx. The secondary structure was examined and then the candidate miRNAs were analyzed in the Rfam database. Finally, three new miRNAs were identified from this method, which were sequentially similar to the miRNAs known in Ae. tauschii. In order to confirm their presence in wheat and Agileops species containing D genome including tauschii, cylindrica and crossa, Real time PCR reaction was performed and finally confirmed the presence of myseq2 sequence in the shoots of studied plants. Identification of target genes of the confirmed miRNA revealed that most of them such as RGA, PIK and NB-ARC had an impact on resistance to various diseases and some of them played a role in resistance to abiotic stresses, such as drought and salt stress. The results showed that computational methods can be a suitable tool for predicting candidate miRNAs, which saves time and cost in identifying miRNAs.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Aegilops, Comparative Genomics, Computational Approach, qRT-PCR, micro RNA
نویسندگان مقاله مرتضی براتی | 1- Morteza Barati
University of Zanjan
دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان

محمدرضا عظیمی | 2- Mohamad Reza Azimi
University of Zanjan
دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان

محمدرضا نقوی | Mohamad Reza Naghavi
University of Tehran
پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران

احسان محسنی فرد | 4- Ehsan Mohseni Fard
University of Zanjan
دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان

نشانی اینترنتی http://mg.genetics.ir/browse.php?a_code=A-10-159-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک گیاهی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی کامل
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات