این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل، جلد ۲۲، شماره ۱، صفحات ۳۹-۴۹
عنوان فارسی ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-۲ با مطالعه شبیه‌سازی
چکیده فارسی مقاله زمینه و هدف: کیناز وابسته به سیکلین‌2‌‌‌ (CDK-2) یک سرین/ترئونین پروتئین­ کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتئین­ با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطان­ها هستند. در این مطالعه شبیه­ سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک ­مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine  وIndirubin  بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است. روش‌کار: فایل  PDB  پروتئین  CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin به ترتیب از بانک اطلاعات پروتئین (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبیه­سازی CDK-2 در نرم‌افزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر روی CDK-2 توسط نرم­افزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند. یافته­ ها: Abemaciclib با آزادسازی انرژی اتصال معادل kcal/mol  8/23- بیشترین تمایل برای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine  وIndirubin  به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیک ­مولکولی مانند میانگین انرژی کل، شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویه CDK-2 شدند. نتیجه‌گیری:Abemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin تمایل بالایی برای برهمکنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتایج شبیه‌سازی‌ دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتئین را پایدارتر می‌کند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله CDK-2، Abemaciclib، Hymenialdisine، Indirubin، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
عنوان انگلیسی Evaluating the Effects of Molecular Dynamic And Docking of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin on CDK-2 Inhibition by Simulation Study
چکیده انگلیسی مقاله Background & objectives: Cyclin-dependent kinase 2 (CDK-2) is a serine/threonine protein kinase with regulatory activity in the cell cycle. Inhibitors of this protein are the treatment of choice for a variety of cancers by stopping the cell cycle. In this in silico study, the effects of docking and molecular dynamics of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin on the inhibition of CDK-2 as one of the most important factors in the cell cycle have been investigated. Methods: PDB file of CDK-2 protein as well as three-dimensional structures of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin were obtained from the protein database (http://www.rcsb.org) and pubchem server, respectively. After simulating CDK-2 in Gromacs software, molecular docking of compounds on CDK-2 was performed by AutoDock 4.2 software. Finally, the most important molecular dynamics factors such as RMSD,the radius of gyration and total energy in the pre-docking state were analyzed and compared to these factors in the post-docking stage. Results: Abemaciclib has the highest affinity for binding to amino acids at the CDK-2 binding site by releasing binding energy equivalent to 8.23 kJ/mol. The binding of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin to CDK-2, resulted in significant reductions in some molecular dynamics factors such as mean total energy, the radius of gyration, RMSD, and changes in CDK-2 secondary structure. Conclusion: Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin have a high tendency to interact with CDK-2, and this binding can induce significant dynamic molecular changes in the structure of CDK-2 molecule.  Based on the results of molecular dynamics simulation, the secondary structure of CDK-2 changes after each ligand binds to it and makes the complex of ligand and protein more stable. 
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله CDK-2, Abemaciclib, Hymenialdisin, Indirubin, Molecular Dynamic Simulation
نویسندگان مقاله مجید اسدی سامانی | Majid Asadi-Samani
Cellular and Molecular Research Center, Basic Health Sciences Institute, Shahrekord University of Medical Sciences, Shahrekord, Iran
مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

نوید جمالی | Navid Jamali
Department of Laboratory Sciences, Sirjan School of Medical Sciences, Sirjan, Iran
گروه علوم آزمایشگاهی، دانشکده علوم پزشکی سیرجان، سیرجان، ایران

جواد صفاری چالشتری | Javad Saffari-Chaleshtori
Clinical Biochemistry Research Center, Basic Health Sciences Institute, Shahrekord University of Medical Sciences, Shahrekord, Iran
مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

کوروش اشرفی دهکردی | Korosh Ashrafi-Dehkordi
Medical Plant Research Center, Basic Health Sciences Institute, Shahrekord University of Medical Sciences, Shahrekord, Iran
مرکز تحقیقات گیاهان دارویی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

نشانی اینترنتی http://jarums.arums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1840-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده بیوشیمی
نوع مقاله منتشر شده مقاله اصیل
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات