این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۳، شماره ۳۸، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی شناسایی نشانه‌های انتخاب بر روی کروموزوم X در شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم
چکیده فارسی مقاله مقدمه و هدف: هرچند برخلاف بسیاری از گونه‌های دامی، انتخاب مصنوعی شدیدی بر روی شترهای تک‌کوهانه صورت نگرفته است، با این حال آثاری از انتخاب طبیعی و انتخاب توسط انسان را می‌توان به عنوان نشانه‌های انتخاب بر روی ژنوم شترها جستجو کرد. با پیشرفت تکنولوژی‌های جدید و توسعه ابزارهای بیوانفورماتیکی، شناسایی این نواحی می‌تواند با دقت بالایی صورت بپذیرد. هدف این مطالعه شناسایی نشانه‌های انتخاب بر روی کروموزوم X در شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم بود. مواد و روش‌ها: برای انجام مطالعه کنونی، از داده‌های ژنومی شش شتر‌ تک‌کوهانه ایرانی به عنوان جمعیت هدف و همچنین هشت نمونه شتر تک‌کوهانه شبه‌جزیره عربستان به عنوان جمعیت مرجع استفاده شد. شناسایی نشانه‌های انتخاب با استفاده از دو روش Fst و XP-EHH صورت پذیرفت. برای انجام این آنالیز، از اندازه پنجره kb 50 و اندازه قدم kb 25 استفاده شد و پنجره‌های ژنومی که دارای نمره بالاتر از 99‌امین صدک توزیع ZFst و XP-EHH بودند، به عنوان نشانه‌های انتخاب احتمالی در نظر گرفته شدند. از برنامه BEDtools برای استخراج ژن‌های موجود در این نواحی استفاده شد. آنالیز ژن آنتولوژی بر روی ژن‌های مذکور با استفاده از برنامه g:Profiler اجرا شد. یافته‌ها: براساس نتایج، به ترتیب 13 و 27 ژن با استفاده از روش Fst و XP-EHH به عنوان ژن‌های تحت انتخاب مثبت در کروموزوم X شترهای تک‌کوهانه ایرانی شناسایی شدند. نتایج به دست آمده از آنالیز ژن آنتولوژی نشان داد که عبارات مرتبط با متابولیسم چربی سهم به‌سزایی در بین عبارات معنی‌دار شده دارند. از جمله ژن‌های مهم شناسایی شده، DGAT2L6 و AWAT2 بودند که در مقاومت شترها به سطح بالای اشعه ماورای بنفش در شرایط بیابانی به ایفای نقش می‌پردازند. همچنین ژن NSDHL که در ساخت کلسترول دخیل است، احتمالا به باروری در نرها کمک می‌کند. تنها مسیر KEGG معنادار در این مطالعه مربوط به متابولیسم ویتامین A بود. نتیجه‌گیری: به نظر می‌رسد انتخاب ژن‌های مرتبط با متابولیسم چربی، رفتار و مقاومت به اشعه ماورای بنفش در شترهای تک‌کوهانه ایرانی در راستای تعامل با انسانها و شرایط سخت بیابانی بوده است. بدلیل عدم انجام اصلاح نژاد روی شترها، به نظر می‌رسد شناخت ویژگی‌های ژنومی این حیوانات می‌تواند به عنوان یک پیش‌نیاز در زمینه طراحی استراتژی‌های اصلاح‌نژادی در نظر گرفته شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله انتخاب مثبت، باروری، متابولیسم چربی، کروموزوم جنسی، عادت‌پذیری
عنوان انگلیسی Detection of Selection Signatures on the X Chromosome in Iranian Dromedary Camels Using Whole Genome Sequencing Data
چکیده انگلیسی مقاله Introduction and Objective: Although, unlike many livestock, no intense artificial selection has been made on dromedary camels, traces of natural selection along with selection by the human can still be found as selection signatures in the camel genome. Due to the development of new technologies as well as bioinformatics tools, the detection of these genomic regions can be done with high accuracy. This study aimed to identify the selection signatures on the X chromosome in Iranian dromedary camels using whole genome sequencing data. Material and Methods: For the present study, the genomic data from six Iranian dromedary camels were used as the target population and also eight samples of dromedary camels from the Arabian Peninsula as the reference population. Signatures of selection were identified using two methods, including Fst and XP-EHH. A window size of 50kb and a step size of 25kb were used for this analysis, and genomic windows with scores higher than the 99th percentile of ZFst and XP-EHH distribution were considered as putative selection signatures. BEDtools program was used to extract genes located in these regions. Gene ontology analysis was performed on mentioned genes using g:profiler program. Results: Based on the results, 13 and 27 genes identified using Fst and XP-EHH approaches as positively selected genes on the X chromosome in Iranian dromedary camels, respectively. The results of gene ontology (GO) analysis showed that terms related to fat metabolism have a significant contribution among the significant GO terms. Among the important identified genes, the genes of DGAT2L6 and AWAT2 may involve in the camel's resistance to high levels of ultraviolet radiation in desert conditions. Also, the NSDHL gene, which is involved in cholesterol biosynthesis, play a role in male fertility. The only significant KEGG pathway in this study was related to vitamin A metabolism. Conclusion: It seems that the positive selection of genes related to fat metabolism, behavior and resistance to ultraviolet radiation in Iranian dromedary camels has been for interaction with humans and harsh desert conditions.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Positive selection, Fertility, Lipid metabolism, Sex chromosome, Adaptation
نویسندگان مقاله رضا خلخالی | Reza Khalkhali
University of Mohaghegh Ardabili
دانشگاه محقق اردبیلی

نعمت هدایت | Nemat Hedayat
University of Mohaghegh Ardabili
دانشگاه محقق اردبیلی

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-433-3&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات