این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی، جلد ۳۴، شماره ۱۳۰، صفحات ۱۹۱-۲۰۲
عنوان فارسی اثر توزیع‌های پیشین مدل‌های آماری متفاوت بر صحت پیش‌بینی ژنومی: مطالعه شبیه‌سازی
چکیده فارسی مقاله انتخاب ژنومی از نشانگرهای SNP در کل سطح ژنوم برای برآورد اثرات نشانگر استفاده می‌کند. به کمک روش‌های متفاوت آماری، ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای حیوانات تخمین زده می‌شود. در پژوهش کنونی مقایسه صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی مستقیم حیوان به کمک روش‌های Bayes-A، B-LASSO gamma، B-LASSO beta و BGLR برای برآورد اثرات نشانگر SNP در دو مقدار وراثت‌پذیری 3/0 و 05/0 بررسی شد. میزان پارامترهای پیش-تنظیمی π (نسبت نشانگرهای SNP که با واریانت‌های علی در عدم تعادل پیوستگی (LD) قرار دارند) برای سه راهبرد 1/0، 3/0 و 5/0 و s2 (پارامتر مقیاس میانگین پیشین) برای چهار راهبرد از 01/0، 1/0، 10 و 100 شبیه‌سازی و تاثیر آن‌ها بر صحت پیش‌بینی ژنومی بررسی گردید. بیشترین صحت ارزش اصلاحی ژنومی مستقیم توسط Bayes-A برای وراثت‌پذیری3/0 به مقدار 88/0و برای وراثت‌پذیری 05/0 به مقدار 69/0 برآورد شدند. در وراثت-پذیری 3/0 کمترین مقدار خطای آزمایشی مربوط به روش Bayes-A (2/121( و بیشترین مقدار مربوط به روش B-LASSO (2/165) بود. بیشترین مقدار صحت مربوط به Bayes-A در π برابر 5/0 (81/0) وکمترین مقدار صحت در π برابر 1/0 (45/0) برای روش BGLR دیده شد. میزان کاهش صحت پیش‌بینی ژنومی با تغییر پارامتر s2 از 1/0 به سمت 10 و 100 شدت بیشتری گرفت. نتایج پژوهش کنونی نشان داد که میزان بهینه پارامتر پیش‌تنظیمی π برای حداکثر نمودن صحت پیش‌بینی ژنومی برای صفات با وراثت‌پذیری متوسط به بالا (3/0) از 41/0 تا 56/0 و برای صفات با وراثت-پذیری پایین(05/0) از 56/0 تا 73/0 پیشنهاد شد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله پارامترهای پیش‌تنظیمی، توزیع اثرات نشانگر، صحت پیش‌بینی، شبیه‌سازی،
عنوان انگلیسی The effect of prior distributions of different statistical models on the accuracy of genomic prediction: simulation study
چکیده انگلیسی مقاله In the genomic selection, SNP markers across whole genome are used to estimate the marker effects. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. In the present study, accuracies of the predicted direct genomic breeding values were compared under several statistical models including Bayes A, B-LASSO gamma, B-LASSO beta and BGLR by considering two heritabilities of 0.3 and 0.05. Three values of π (0.1, 0.3, and 0.5) and four values of s2 (0.01, 0.1, 10, and 100) were simulated and correspondingly evaluated in terms of accuracy. The obtained results showed the highest accuracy of direct genomic breeding value was obtained under Bayes-A method, which were 0.88 and 0.69 for heritabilities of 0.3 and 0.05, respectively. Regression coefficients of methods for estimating the marker effects were more unbiased under heritability of 0.3 than 0.05. By considering the heritability of 0.3, the lowest and highest error were obtained under Bayes-A (121.2) and B-LASSO beta (165.2) methods, respectively. Under BGLR method, the highest and lowest accuracy of Bayes-A were obtained for π, 0.5 (0.81) and π, 0.1 (0.45). By increasing s2 parameter a decrease in the accuracy of genomic predictions was obtained. The obtained results suggested that to maximize the accuracy of the genetic prediction for traits with moderate to high heritability (0.3) optimal point of parameter π may ranged from 0.41 to 0.56 and while for traits with low heritability from 0.56 to 0.73.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله پارامترهای پیش‌تنظیمی, توزیع اثرات نشانگر, صحت پیش‌بینی, شبیه‌سازی
نویسندگان مقاله یحیی محمدی |
استادیار و عضو هیات علمی دانشگاه ایلام.

جواد احمدپناه |
عضو هیأت علمی، بخش علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه، سازمان تحقیقات ، آموزش و ترویج کشاورزی ، کرمانشاه، ایران.

حسن بانه |
استادیار، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران.

نشانی اینترنتی https://asj.areeo.ac.ir/article_124278_3115312de12c618a9bdb6141ab9fd2e2.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات