این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی، جلد ۳۳، شماره ۱۲۷، صفحات ۱۳-۳۰
عنوان فارسی برآورد هم خونی ژنومی و ارزیابی هموزیگوسیتی ایجاد شده در گاوهای سرابی و نجدی
چکیده فارسی مقاله مطالعه حاضر به منظور برآورد سطح هم‌خونی ژنومی با استفاده از تجزیه (FROH) ROH در دو توده گاو بومی ایران شامل سرابی و نجدی و همچنین مقایسه برآوردهای FROH با دیگر برآوردهای ضریب هم‌خونی بر اساس ماتریس رابطه ژنوم (FGRM)، درصد SNPs هموزیگوت (FHOM) و اطلاعات شجره‌نامه (FPed) انجام شد. برای انجام این کار، به ترتیب تعداد 213 و 211 نمونه به طور تصادفی از جمعیت سرابی و نجدی انتخاب شدند. نمونه‌ها با استفاده از ریز‌ تراشه Illumina BeadChip 40K v2 تعیین ژنوتیپ شدند. علاوه بر این، تعداد 30 نمونه از گاوهای شیری هلشتاین ایران از مرکز اصلاح نژاد ایران، مورد بررسی قرارگرفتند. آنالیز ژنومی با استفاده از برنامه‌های CFC ، Excel، Plink، SNeP انجام شد. در مجموع 2030 بلوک هاپلوتیپی در جمعیت شناسایی شدند. بیشترین و کمترین تعداد قطعات (ROHs) ROH در بین جمعیت نجدی و سرابی مشاهده شد. علاوه بر این، طول ROH در بین نژادهای مختلف متفاوت بود (05/0p <). جمعیت نجدی بیشترین تعداد ROH را در دسته‌های با طول متفاوت Mb ) ROH8-4، Mb16-8 وMb 16 4Mb (592/0) در جمعیت سرابی بدست آمد (001/0p <). نتایج این مطالعه وجود هم‌خونی، حداقل در پنج نسل اخیر جمعیت بومی مورد مطالعه را نشان می‌دهد و برنامه‌های حفاظتی باید به منظور مدیریت سطوح هم‌خونی در هر دو جمعیت صورت گیرد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله توده های گاو بومی، هم خونی ژنومی، هموزیگوسیتی ایجاد شده،
عنوان انگلیسی Genomic inbreeding estimation and evaluation of runs of homozygosity in Sarabi and Najdi cattle populations.
چکیده انگلیسی مقاله The present study was carried out to estimate levels of genomic inbreeding based on ROH (FROH) analysis in the two Iranian native cattle populations including Sarabi and Najdi, as well as comparing the FROH estimates with other inbreeding estimates obtained based on the genomic relationship matrix (FGRM), percentage of homozygous SNPs (FHOM) and pedigree information (FPed). To do this, 213 and 211 samples were randomly selected from Sarabi and Najdi populations, respectively. The samples were genotyped using the Illumina BeadChip40K v2 microchip. In addition, 30 samples of Holstein dairy cattle of Iran provided by Animal Breeding Center of Iran, were included in the analysis . Genomic analysis was performed using CFC, Excel, Plink, SNeP programs. A total of 2030 haplo-blocks were identified in the populations. The highest and lowest number of ROH segments (ROHs) was observed within Najdi and Sarabi Population, respectively. Furthermore, ROH length were found to be significantly different among breeds (p < 0.05). Najdi population had the highest number of ROH across different categories of ROH length (4-8Mb, 8-16Mb and >16Mb). Maximum correlation coefficient among the estimated inbreeding coefficients was obtained between FPed and FROH>4Mb (0.592) in the Sarabi population (p < 0.001). The results of this study indicate that presence of inbreeding at least in the five early generations of the studied native populations and the conservation programs must be taken to manage the inbreeding levels in both populations.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله توده های گاو بومی, هم خونی ژنومی, هموزیگوسیتی ایجاد شده
نویسندگان مقاله احد خصالی اقطاعی |
دانش آموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نزاد دام، طیور، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل

مهدی وفای واله |
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل

حسین مرادی شهر بابک |
استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران

غلامرضا داشاب |
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل

نشانی اینترنتی https://asj.areeo.ac.ir/article_122462_a21d200680c0aa04f90c65e118b96f69.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات