این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی ایران، جلد ۵۳، شماره ۱، صفحات ۴۳-۵۱
عنوان فارسی شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ‌های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط ‌فیلوژنتیکی و میزان همخونی
چکیده فارسی مقاله هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ‌های مختلف مرغ گینه‌ای (مرغ شاخدار) در ایران می‌باشد. داده‌های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه‌ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ‌های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالی‌یابی کل ژنوم نمونه‌های مرغ گینه‌ای به صورتPaired-End با طول خوانش 125 جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش‌های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ‌ها با طول‌های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ‌ها در گروه‌های جداگانه‌ای قرار می‌گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می‌تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ‌های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه‌های بهنژادی ارایه نماید.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله آنالیز فیلوژنی،چندشکلی ژنتیکی،مرغ گینه‌ای،
عنوان انگلیسی Identification of single nucleotide polymorphism in Iranian Helmeted Guineafowl ‎ecotypes to study the phylogenetic relationships and inbreeding ‎
چکیده انگلیسی مقاله The Helmeted Guineafowls were originated from West Africa and spread widely across the world, due to their ability to adapt to different environmental conditions. The main goal of this investigation was to identify the single nucleotide variations (SNVs) in order to explain the genetic structure of Helmeted Guineafowl in Iran. The whole genome of six Guineafowl ecotypes (18 samples) including Tabriz (blue and grey), Rasht, Tabriz (white), Rasht×Tabriz cross, Shiraz and Lar were sequenced. Paired-end libraries with 125 bp of Guineafowl samples were sequenced by whole genome Illumina platform. The phylogenetic tree analysis based on the maximum likelihood and neighbor joining was constructed. Runs of homozygosity (ROHs) were detected across all individual genomes by PLINK software. In the current study, around 14.48 million SNVs were detected. To evaluate the phylogenic relationships among all Guineafowl ecotypes, we applied two different phylogenic methods based on neighbor-joining and maximum-likelihood methods. Similar results were reported by these methods, all Helmeted Guineafowl ecotypes were classified separately except Shiraz and Lar ecotypes, which showed the most amount of genetic similarities. The results of runs of homozygosity (ROH) analysis indicated that the highest level of inbreeding at all levels of ROH were observed in the white Tabriz ecotype, in contrast Tabriz (blue and grey) ecotype showed the lowest level of inbreeding at all levels of ROH. These findings can provide new insight into genetic structure of Helmeted Guineafowl ecotypes in order to develop the breeding programs.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله آنالیز فیلوژنی,چندشکلی ژنتیکی,مرغ گینه‌ای
نویسندگان مقاله رعنا پدر |
دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید ‏باهنر کرمان، کرمان، ایران

علی اسمعیلی زاده کشکوئیه |
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

احمد آیت اللهی مهرجردی |
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

حجت اسداله پور نعنایی |
دانش‌آموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

حامد خراتی کوپایی |
دانش‌آموخته دکتری تخصصی زیست‌فناوری، پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

نشانی اینترنتی https://ijas.ut.ac.ir/article_87689_521eea885262c5e2e63e4991db2d8652.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات