این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم گیاهان زراعی ایران، جلد ۵۲، شماره ۳، صفحات ۱-۱۰
عنوان فارسی شناسایی microRNA (miRNA)ها و ژن‌های هدف آن‌ها در دو گونه Cichorium intybus و Cichorium endivia
چکیده فارسی مقاله miRNAها مجموعه­ای از مولکول­های کوچک RNA غیرکد کننده­ و درونزاد، با طول حدود 22 نوکلئوتید هستند که در تنظیم پس از رونویسی از طریق تخریب mRNAهای هدف و یا سرکوب ترجمه آن‌ها، نقش دارند. این مولکول­ها به‌صورت تکاملی در قلمرو گیاهی حفاظت شده هستند؛ از این رو، با استفاده از ابزارها و روش­های مقایسه­ای می­توان آن‌ها و همچنین ژن­های هدف آن‌ها را پیشگویی کرد. در مطالعه­ حاضر، از روش­های بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی و همچنین توالی­های EST دو گونه کاسنی و miRNA موجود در بانک­های اطلاعاتی، جهت شناسایی miRNAها و ژن­های هدف آن‌ها در دو گونه C. intybus و C. endivia استفاده شد. این توالی­ها در ابتدا Blastn شدند و در نهایت و پس از طی مراحل مختلف، چهار miRNA متعلق به خانواده­های miR166، miR162، miR156 و miR393 شناسایی شد. همچنین تعداد زیادی ژن از جمله TIR1، ژنهای پروتئین­های متصل شونده به پروموتر Squamusa و ... به‌عنوان ژن­های هدف این miRNAها شناسایی شدند. نتایج Real Time PCR نشان داد که بیان miR156 در برگ گونه C. endivia، بیشتر از گل آن و همچنین بالاتر از بیان این miRNA در برگ و گل گونه C. intybus است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله بیوانفورماتیک،ریل تایم PCR،کاسنی،EST،miRNAها،
عنوان انگلیسی Identification of conserved microRNAs and their targets in Cichorium intybus and Cichorium endivia
چکیده انگلیسی مقاله MicroRNAs (miRNAs) are a class of short and endogenously initiated non-coding RNAs that post-transcriptionally control gene expression via either translational repression or mRNA degradation. Mature miRNAs are reported to be highly conserved throughout the plant kingdom; therefore, comparative genomics approaches are used to predict the novel miRNA genes and their target genes. In this study, bioinformatics and laboratory approaches followed by the EST and miRNA sequences in the databases for chicory species were employed for the identification of potential miRNAs and their potential targets either in Cichorium intybus or Cichorium endivia. To identify the potential miRNAs in the C. intybus and C. endivia, all the publicly available EST sequences of the plant were blasted against the previously known Plant miRNAs. Ultimately, four novel miRNAs belonging to four different families of miR166, miR156, miR162 and miR393 were identified. Also, a large number of genes, such as TIR1, Squamusa promoter binding proteins genes were identified as target genes of these miRNAs. Furthermore, the results of Real Time PCR showed that the transcriptional activities of miR156 in the leaf tissue of C. endivia are extremely high, not only than those observed for flower tissue of the same species, but also as compared with the leaf and flower tissues of the another species of C. intybus.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله بیوانفورماتیک,ریل تایم PCR,کاسنی,EST,miRNAها
نویسندگان مقاله محمد چهاربنیچه فرجی |
دانشجو گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

محمدرضا نقوی |
استاد گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

منیژه سبکدست نودهی |
استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

جابر نصیری |
استادیار پژوهشکده کشاورزی هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای، سازمان انرژی اتمی ایران، کرج

نشانی اینترنتی https://ijfcs.ut.ac.ir/article_82443_9e455220373b796fcd180c8e909b4885.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات