این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش و نوآوری در علوم و صنایع غذایی، جلد ۱۱، شماره ۴، صفحات ۴۱۵-۴۲۲
عنوان فارسی مقایسۀ روش‌های استخراج DNA جهت شناسایی لاکتوباسیل‌های پروبیوتیکی، باکتری‌های مقاوم به تجزیه
چکیده فارسی مقاله استخراج DNA یک مرحلۀ مهم در تمام پروتکل‌های مبتنی بر اسید نوکلئیک جهت شناسایی میکروارگانیسم‌ها می‌باشد. باکتری‌های اسید لاکتیک بخش مهمی از جمعیت میکروبی سالم در دستگاه گوارش انسان هستند. این باکتری‌های گرم مثبت چندین لایه پپتیدوگلیکان در دیوارۀ سلولی دارند که باعث ایجاد مشکلاتی در تجزیۀ سلول و دستیابی به روش‌های مطمئن برای استخراج DNA می‌گردد. هدف از این مطالعه، ارزیابی فرایندهای استخراج DNA مبتنی بر اتوکلاو و لیزوزیم برای دستیابی به DNAهای ژنومی با کیفیت بالا از باکتری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس بود. همچنین غلظت و کیفیت DNA با کیت تجاری مقایسه شد. نتایج نشان داد براساس کاربرد DNA در فرایندهای پایین دستی، روش‌های مناسب برای استخراج DNA متفاوت خواهند بود. روش‌هایی که دارای تیمار با آنزیم لیزوزیم بودند نسبت به تیمار با اتوکلاو مقادیر بیشتری از DNA تولید کردند. تیمار با آنزیم لیزوزیم در ترکیب با روش سیلیکا-گوانیدین تیوسیانات، پروتکل کارآمد و مقرون‌به‌صرفه برای تجزیۀ روتین باکتری لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس بود. غلظت و کیفیت DNA به‌دست‌آمده در این روش قابل مقایسه با کیت تجاری بود. اما تیمار با اتوکلاو تأثیر کمی بر شکستن دیواره‌های سلولی داشت که منجربه استخراج غلظت پایین DNA گردید. این روش نتوانست به‌طورکامل تمام دیواره‌های سلول باکتری را بشکند. البته تعداد کمی از دیواره‌های سلولی شکسته‌شده در سوپرناتانت سوسپانسیون سلولی اتوکلاو شده به‌طور میکروسکوپی مشاهده شدند. لذا این پروتکل برای انجام آزمایش PCR مستقیم روی نمونه‌های حاوی مقادیر زیادی از لاکتوباسیل‌ها از کیفیت خوبی برخوردار بود. این نتاج بر انتخاب دقیق روش استخراج DNA براساس آنالیزهای پایین دستی محصولات PCR تأکید می‌کند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله اتوکلاو، استخراج DNA، لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس، لیزوزیم، PCR مستقیم،
عنوان انگلیسی Comparison of DNA Extraction Methods for Molecular Detection of Probiotic Lactobacilli, Lysis-resistant Bacteria
چکیده انگلیسی مقاله DNA extraction is a crucial step in all nucleic acid-based protocols to identify microorganisms. Lactic acid bacteria are a significant part of healthy microbiota in the human gastrointestinal tract. These gram-positive bacteria have several layers of peptidoglycan in the cell walls. These structures cause difficulties in the cell lysis and obtaining reliable protocols for DNA isolations. The purpose of this study was to assess the autoclave and lysozyme-based DNA purification approaches for achieving the high-quality genomic DNAs of Lactobacillus acidophilus bacteria. DNA concentrations and qualities were also compared with the commercial kit. The results showed that the proper DNA isolation methods were various, according to the downstream applications. Protocols that included lysozyme produced a higher amount of DNA than the autoclave method. Lysozyme treatment combined with silica-guanidinethiocyanate procedure was the efficient protocol with affordable cost for routine lysis of L. acidophilus bacteria. Appropriate DNA concentration and quality were obtained through this method comparable to those of the commercial kit. Inversely, autoclave treatment had little effect on the breakage of the cell walls indicating low concentrations of extracted DNAs. This method could not completely break down all the bacterial cell walls. However, the breakage of low numbers of cell walls was microscopically observed in the supernatant of the autoclaved cell suspension. The quality of this protocol was found to be adequate for performing direct polymerase chain reaction (PCR) assay on samples with large amounts of lactobacilli. These conclusions suggest attentively selecting the DNA extraction method based on the planned downstream analysis of PCR products.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله اتوکلاو, استخراج DNA, لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس, لیزوزیم, PCR مستقیم
نویسندگان مقاله منیرالسادات شاکری |
گروه زیست‌فناوری مواد غذایی، مؤسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی، مشهد، ایران

مریم سادات شاکری |
گروه بیهوشی و مراقبت‌های ویژه، دانشگاه علوم پزشکی مشهد، مشهد، ایران

نشانی اینترنتی https://journals.rifst.ac.ir/article_162227_0c6183373c49bab8a64e79a93f554782.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات