این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۴، شماره ۴۱، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی مطالعه پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر مرتبط با تعداد کل بره متولد شده و سن اولین زایش در گوسفندان چندقلوزا
چکیده فارسی مقاله مقدمه و هدف: بررسی معماری ژنتیکی صفات تولیدمثلی به دلیل اینکه تأثیر عمده­ای روی سیستم­های تولیدی در صنعت گوسفنداری دارد، به طور قابل توجه­ای بین محققین افزایش یافته است. هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر تعداد کل نتاج متولد شده و سن اولین بره­زایی میش­های نژاد پربازده کایاس با استفاده از آرایه­‌های ژنومی 50K بوده است. مواد و روش­­ها: بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی 538 رأس از میش­های با باروری بالا شامل تعداد کل بره متولد شده در طول عمر و سن اولین زایش استفاده شد. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی­‌دار با ژن، ارتباط ژن‌­ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می‌­شود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی برای صفات تولیدمثلی در نرم­ا­فزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژن­های معنی­داری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی­دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنی­سازی مجموعه­های ژنی با برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­‌های نزدیک به مناطق انتخابی از طریق پایگاه‌­های برخط GO، KEGG، Reactome، BioCyc و PANTHER انجام شد. یافته­ها: در این پژوهش تعداد 11 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم­‌‌های 1، 2، 5، 7، 8، 10، 13، 15، 17، 22 و 23 شناسایی شدند. همچنین ژن­های QULP1،AURKA ،TEX12 ­،DLG1T ،ACVR1 ، LCP2 و PPFIA2 با صفات تولید مثلی مرتبط بودند، در این مناطق قرار داشتند. برخی از این ژن­های شناسایی شده در مناطق ژنومی معنی­دار با مطالعات قبلی هم خوانی داشت. در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد 19 مسیر با صفات تولیدمثلی شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده نقش مهمی در باروری، نرخ تخمک­اندازی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی، رشد و توسعه عضلات اسکلتی، رشد ابتدایی جنین و سن بلوغ داشتند. نتیجه ­گیری: نتایج این تحقیق می­تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولیدمثلی مورد استفاده قرار گیرد و با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این پژوهش می­تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق تعداد نتاج بیشتر مفید باشد.  
کلیدواژه‌های فارسی مقاله آنالیز مسیر، باروری، پویش ژنومی، تعداد نتاج متولد شده، گوسفند
عنوان انگلیسی Genome wide association study based on pathway analysis relate to total number of lambs born and first lambing age in prolificacy sheep
چکیده انگلیسی مقاله Extended Abstract Introduction and aim: Genetic architecture of sheep reproduction is increasingly gaining scientific interest due to the major impact on sheep production systems. The present study aimed to conduct a genome wide association studies (GWAS) based on Gene-set enrichment analysis for identifying the loci associated with total number of lambs born and first lambing age in highly prolific Chios sheep using the 50K arrays. Materials and methods: For this purpose, phenotypes records and genotypic data related to total number of lambs born and first lambing age were obtained from 538 highly prolific Chios sheep. The gene set analysis consists basically in three different steps: the assignment of SNPs to genes, the assignment of genes to functional categories, and finally the association analysis between each functional category and the phenotype of interest. Genome wide association study was performed with reproductive traits using GEMMA software. Using the biomaRt2 R package the SNP were assigned to genes if they were within the genomic sequence of the gene or within a flanking region of 15 kb up- and downstream of the gene. Finally, a gene enrichment analysis was performed with the KOBAS platform from online bioinformatics databases for the assignment of the genes to functional categories, the GO, KEGG, DAVID and PANTHER databases were used. Results: In this research, 11 SNP markers on chromosomes 1, 2, 5, 7, 8, 10, 13, 15, 17, 22 and 23 were identified. Also, we identified different sets of candidate genes related to reproductive traits: QULP1, AURKA, TEX12, DLG1T, ACVR1, LCP2 and PPFIA2 in Chios sheep. Some of the found genes, are consistent with some of the previous studies related to reproductive traits. According to pathway analysis, 19 pathways from gene ontology and biological pathways were associated with the reproductive traits. Some of the genes were found are consistent with some previous studies and to be involved biological pathways related to fertilization, ovulation rate, estrogen biosynthesis, conception rate, skeletal muscle development, early development of the fetus and puberty. Conclusion: The results of our research can be used to understand the genetic mechanism controlling reproductive traits and considering, this study supported previous results from GWAS of reproductive traits, also revealed additional regions, using these findings could potentially be useful for genetic selection in sheep for number of lambs born.  
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Fertility, Genome scan, Number of lamb born, Pathway analysis, Sheep
نویسندگان مقاله حسین محمدی | Hoossein Mohammadi
Arak University
دانشگاه اراک

محمد شمس اللهی | Mohammad Shamsollahi
University of Ilam
دانشگاه ایلام

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-928-4&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات