این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۴، شماره ۴۱، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی شناسایی و طبقه‌بندی واریانت‌های سطح ژنوم گاومیش‌های رودخانه ای در خوزستان مبتنی بر فناوری توالی یابی کل ژنوم
چکیده فارسی مقاله چکیده  مبسوط مقدمه و هدف: توسعه سریع فناوری‌های توالی‌یابی کل ژنوم و ابزارهای بیوانفورماتیک،  نقطه شروعی برای کشف تنوع ژنتیکی گستره در سطح سراسر ژنوم موجودات را فراهم می‌کند. در این راستا، گاومیش از جمله حیوانات اهلی مهم در سطح جهانی است که ارزش اقتصادی زیادی برای جوامع انسانی دارد و از محصولاتی همچون شیر، گوشت، چرم و به ویژه بعنوان نیروی کار استفاده می­شود. در تبین این سناریو مطالعاتی، گاومیش­های نژاد خوزستانی یکی از مهمترین نژاد­ گاومیش در ایران هستند. این دامها در غرب و جنوب غربی ایران پراکنده شده اند.  بیشترین جمعیت این نژاد در استان خوزستان وجود دارد و با خصوصیات جغرافیایی این منطقه کاملاً آداپته شده­اند. در این مطالعه، توالی­یابی کل ژنوم گاومیش­های نژاد خوزستانی بمنظور شناسایی تنوع­های کل ژنوم گاومیش خوزستانی انجام شد. مواد و روش­ها: کنترل کیفیت خوانش­های توالی مبتنی بر همه­ی پارامترهای مرتبط باکیفیت به وسیله­ی نرم افزار FastQC (v0.12.1)  انجام شد و سپس ویرایش خوانش­های توالی نشان داد که همه­ی نمونه­های خام از کیفیت بالایی برخوردار بودند. سپس، برای هم ردیفی داده ها با ژنوم مرجع از بسته نرم افزاری BWA-MEM استفاده شد. در ادامه واریانت های ژنومیک با استفاده از نرم افزار  freebayes  به دست آمد. سپس، فیلتراسیون نهایی روی فایل واریانت ها صورت پذیرفت. این فیلتراسیون بمنظور افزایش کیفیت آنالیز و جداسازی واریانت های با کیفیت پایین انجام می شود. یافته­ ها: درصد همردیفی برای همه­ی نمونه­ها بالای 97.44 درصد بود که نشان دهنده­ی کیفیت بالای خوانش­های کوتاه است. میزان کاوریج در نمونه­های توالی یابی شده بین x 4.3 تا x 9/12 بود که نشان دهنده­ی کیفیت مناسب خوانش­ها است. همچنین، ما در این مطالعه تعداد 76.676.529 میلیون واریانت شناسایی کردیم که بطور نسبتاً، مساوی در بین کروموزوم­های گاومیش­های خوزستانی توزیع شده بود.  بیشترین تعداد واریانت­ها در کروموزوم شماره 1 مشاهده شد و همچنین، کمترین تعداد واریانت­ها روی کروموزوم شماره­ی 28 توزیع شده بود. در این مطالعه، کل جهش­های جابه­جایی و معکوس  شناسایی شده در سطح کل ژنوم گاومیش­های خوزستانی به ترتیب 298.193.017 و 135.694.466 بود. همچنین، نسبت جهش­های جابه­جایی به معکوس 1989/2 (Ts/Tv) برآورد شد. نتیجه­گیری: وجود تنوع و استعدادهای ژنتیکی در توده های گاومیش بومی ایران ، سرمایه های ژنی باارزشی هستند که با مطالعه ی آن می توان تنوع های ژنتیکی را شناسایی کرد و پتانسیل ژنتیکی صفات اقتصادی آنها را به منظور طراحی برنامه های مناسب اصلاح نژادی، بطور دقیق تعیین کرد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله گاومیش، خوزستانی، توالی یابی کل ژنوم، واریانت
عنوان انگلیسی Identification and classification of genome-level variants of water buffalos in Khuzestan based on whole genome sequencing technology
چکیده انگلیسی مقاله  Extended Abstract Introduction and Objective: The rapid development of sequencing technologies and bioinformatic tools has made it possible to sequence the entire genome of many species, providing a starting point for exploring the genome-wide genetic diversity of organisms. The buffalo is one of the most important domesticated animals in the world and has great economic value for humans, being used for milk, meat, leather and most importantly as labor. Khuzestani buffalo are among the most important buffalo in Iran. These animals are scattered in western and southwestern Iran. The largest population of this breed is in the Khuzestan province and they are fully adapted to the geographical features of this region Material and Methods: In this study, whole genome sequencing of the Khuzestan buffalo was performed in paired-end format using Illumina technology. Quality control of the readings obtained met all quality parameters and processing of the readings showed that all samples were of high quality. The BWA-MEM software package was then used to match the data to the reference genome. Genome variants were obtained with the Freebayes software. The final filtering of the variant file then took place. This filtering serves to increase the quality of the analysis and to sort out inferior variants. Results: The alignment percentage for all samples was over 97.44%, indicating the high quality of the short reads. The coverage in the sequenced samples ranged from x 4.3 to x 9.12, indicating reasonable quality of the reads. Also, in this study we identified 76,676,529 million variants fairly evenly distributed on the chromosomes of the Khuzestan buffalo. The highest number of variants was observed on chromosome 1 and also the lowest number of variants was distributed on chromosome number 28. In this study, the total number of translocation and inversion mutations identified in the whole genome of the Khuzestan buffalo was 298,193,017 and 135,694,466, respectively. In addition, the ratio of transitions to transversion mutations was estimated to be 2.1989 (Ts/Tv). Conclusion: The presence of diversity and genetic talents in the populations of native Iranian buffalo are valuable genetic assets and by examining them, genetic diversity can be identified. In addition, the genetic potential of their economic traits has been accurately determined in order to develop suitable breeding programs.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله buffalo, Khuzestan, whole genome sequencing, variant
نویسندگان مقاله میلاد حسینی | Milad Hosseini
University of Tehran
دانشگاه تهران

حسین مرادی شهربابک | Hossein Moradi Shahrbabak
University of Tehran
دانشگاه تهران

محمد مرادی شهربابک | Mohammad Moradi Shahrbabak
University of Tehran
دانشگاه تهران

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1798-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات