این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۶، شماره ۱، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی شناسایی و تحلیل تفاوت‌های ژنومی مرتبط با عملکرد باروری و تعداد نتاج بین نژادهای گوسفندان بومی ایران و ایسلند با استفاده از آماره‌ی شاخص تمایز نااریب تتا (FST)
چکیده فارسی مقاله
مقدمه و هدف: به دلیل افزایش تقاضا برای فرآورده های دامی، حتی در مواردی که تاکید بر تولید شیر یا پشم می باشد بازدهی تولید مثلی یکی از اهداف اصلی پرورش گوسفند است،. در برنامه های اصلاحی با تاکید بر تولید گوشت، یکی از مهمترین اهداف افزایش بازدهی تولید مثلی می باشد. هر چند که افزایش باروری به روشهای متفاوت میسر می باشد ، اما نرخ تخمک گذاری و ظرفیت رحم برای رسیدن به باروری بالا از اهداف اثلی برنامه های اصلاح نژادی می باشد  بنابراین بهبود عملکرد تولیدمثلی گوسفند اهمیت ویژه‌ای بر سودآوری این حیوان، به‌خصوص در سیستم‌های پرورشی نیمه بسته و بسته، دارد.  هدف مطالعه حاضر، استفاده از اطلاعات ژنومی دو گروه ژنتیکی متمایز گوسفند شامل نژادها گوسفندان بومی ایران و نژاد ایسلند، جهت شناسایی جایگاه‌های ژنومی موثر بر عملکرد باروری و تعداد نتاج گوسفند می‌باشد.
مواد و روش ها:  در این راستا از اطلاعات ژنومی گوسفندان ایرانی (154=N) به‌عنوان نژادهای با عملکرد تولیدمثلی با چندقلوزایی پایین و نژاد ایسلند (54=N) به‌عنوان یکی از نژادهای شاخص دنیا در ارتباط با چندقلوزایی، استفاده شد. اطلاعات این گروه‌های ژنتیکی به­ترتیب از پایگاه‌ اطلاعاتی iSheep و آدرس https://disk.yandex.ru/d/3N2wEv0-9_NL0w، به‌دست آمد. کنترل کیفی و غربالگری داده‌ها، آنالیز شاخص تمایز ژنتیکی (FST) و آنالیز مولفه‌های اصلی (PCA) جهت تعیین گروه‌های ژنتیکی با استفاده از نرم­افزار PLINK1.9، صورت گرفت. برآوردگر نااریب FST (θ) جهت کاوش نشانه­های انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. استخراج ژن‌های مرتبط با مناطق ژنومی تحت انتخاب توسط پایگاه اطلاعاتی آنلاین BIOMART با انطباق روی ژنوم گوسفند (Oar_v3.1) انجام شد.
یافته ها:  در کل نواحی شناسایی شده به‌عنوان  نشانه‌ی انتخاب (55N=)، منطبق بر 0/1 درصد کل نشانگرهای مورد مطالعه، تعداد 391  ژن شناسایی شدند. از میان ژن‌های شناسایی شده، تعداد حداقل 13 مورد شامل ژن‌های BMPR2، SLC26A4، WNT16، CREB3L4، PRLR، ACVR2B، PRKCSH، HOXA9، HOXA10، Dkks، KATNAL1، OSBP2 و W5PHY6_SHEEP به‌نوعی با عملکرد تولیدمثلی و صفت چندقلوزایی در گوسفند مرتبط بودند. هرچند هیچ مسیر بیولوژیکی قابل توجهی (با معنی‌داری بالا) مرتبط با عملکرد تولیدمثلی در گوسفند شناسایی نشد، ولی برخی از موارد شناسایی شده، اثرات عمده‌ای در عملکرد باروری گوسفند دارند. ژن‌های شناسایی شده از مطالعه حاضر و تلفیق آن با سایر اطلاعات مرتبط با صفت چندقلوزایی می‌تواند در طراحی برنامه‌های اصلاح نژادی جهت بهبود عملکرد تولیدمثلی، موثر باشد.
نتیجه گیری: در مطالعه‌ی مسیرهای بیولوژیکی شناسایی شده از مقایسه‌ی جمعیت‌های گوسفندان ایران با نژاد ایسلند که جزو شاخص‌ترین نژادهای چندقلوزای دنیا به‌شمار می‌رود، عمدتا مسیرهای بیولوژیکی درگیر در ایمنیت، بویایی و ساختار هموگلوبینی، به‌عنوان مسیرهای تحت انتخاب شناسایی شدند و باوجود شناسایی تعداد متعددی از ژن‌های مرتبط با عملکرد تولیدمثلی این ژن‌ها در مسیرهای بیولوژیکی واحدی تشکیل یک شبکه ژنی معنی‌دار را ندادند. در هر صورت با توجه به شناسایی برخی ژن‌های شاخص در عملکرد تولیدمثلی، این اطلاعات می‌تواند بعد از تایید در مطالعات دیگر و تکمیلی در طراحی بهتر پروژه‌های بهبود عملکرد تولیدمثلی موثر باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله جاروب انتخاب، آرایه های ژنومیکی، چندقلو زایی، گوسفندان بومی، نژاد ایسلند
عنوان انگلیسی Identification of genomic regions related to litter size with divergent selection between Iranian indigenous sheep breeds and iceland sheep breed
چکیده انگلیسی مقاله
Extended Abstract
Objective
Due to the increasing demand for animal products, reproductive efficiency is considered as one of the main objectives of sheep breeding, even in cases where the main emphasis is on milk or wool production. In cases the meat production is the main breeding objective, increasing reproductive efficiency is the most important goal of breeding programs. Although increasing fertility in ewe is possible in different pathways, ovulation rate and uterine capacity are the main goals in breeding programs to achieve high fertility. Then, this study was performed to detection selection signature between Iranian native and Icelandic sheep breeds, and identify genes related to fecundity and litter size in sheep.
Materials and Methods
In this regard, the genomic information of Iranian sheep (N=154) as breeds with low litter size and Iceland breed (N=54) as one of the world high litter size sheep breeds, were used. The genomic data related to these genetic groups including Icelandic and Iranian sheep breeds were obtained from the iSheep database and the address https://disk.yandex.ru/d/3N2wEv0-9_NL0w, respectively. Data filtering and quality control, genetic differentiation index analysis (FST) and principal component analysis (PCA) were performed to determine genetic groups using PLINK 1.9 software. Ubiased FST (θ) estimator statistic were used to explore the signs of selection. The genes related to selected genomic regions was extracted using the BIOMART online database corresponding areas in the sheep genome assembly (Oar 3.1).
Results
In the identified regions as selection signatures (N=55), including 0.1% of all studied markers, the number of 391 genes were identified. Of all detected genes, at least 13 genes including BMPR2, SLC26A4, WNT16, CREB3L4, PRLR, ACVR2B, PRKCSH, HOXA9, HOXA10, Dkks, KATNAL1, OSBP2 and W5PHY6_SHEEP genes were related to reproductive performance and probably litter size in sheep. Although no significant biological pathways (with high significance) related to litter size in sheep were identified, some of the identified genes have major effects on reproductive performance. Detected genes from this study and other complementary studies about involved genes on litter size in sheep, could be effective in desigining breeding programs to improve reproductive performance.
Conclusion
Survey on identified biological pathways related to genomic differences between Iranian native and Icelandic (which is considered one of the most significant multi-twin breeds in the world) sheep breeds, was shown that, the significant biological pathways involved in immunity, smell, and hemoglobin construction. Despite of the identification a large number of genes related to The reproductive performances, these genes did not involved in a significant biological pathways. However, although no significant biological pathways (with high significance) related to litter size in sheep were identified, some of the identified genes have major effects on reproductive performance. Detected genes from this study and other complementary studies about involved genes on litter size in sheep breeds could be effective in desigining breeding programs to improve reproductive performance.
 
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Keywords, Selective Sweep, Genomic array, Litter Size, Iranian native sheep, Icelandic
نویسندگان مقاله پرویز عزیزی | Parviz Azizi
University of Tehran
دانشگاه تهران

حسین مرادی شهربابک | Hossein Moradi Shahrbabak
University of Tehran
دانشگاه تهران

محمد مرادی شهربابک | Mohammad Moradi Shahrbabak
University of Tehran
دانشگاه تهران

مهدی مخبر | Mahdi Mokhber
Urmia University
دانشگاه ارومیه

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-185-11&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات