این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۱۰، شماره ۲، صفحات ۳۲۹-۳۳۴
عنوان فارسی چارچوب PRAF برای هم‌ترازی سراسری دو شبکه برهم‌کنش پروتئین- پروتئین
چکیده فارسی مقاله به مجموعه ‌ای از ماکرومولکول‌‌ها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام می‌‌دهند، شبکه زیستی گفته می‌‌شود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمی‌افتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر می‌کند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکه‌‌های زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل هم‌ترازی محلی و سراسری شبکه‌‌‌های برهم‌کنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کامل‌بودن مساله هم‌ترازی سراسری، الگوریتم‌‌‌های غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سال‌های اخیر به‌عنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی هم‌ترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگی‌های زیستی را برای این منظور در نظر نمی‌گیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله هم‌ترازی سراسری شبکه‌های پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرم‌افزار BINGO و مفهوم هستی‌شناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم‌ NetAl شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله بیوانفورماتیک،شبکه ‌‌بر‌هم‌کنش پروتئین- پروتئین،هم‌ترازی،هستی‌شناسی ژن،خوشه‌بندی،
عنوان انگلیسی PRAF Framework for Global Protein-Protein Interaction Network Alignment
چکیده انگلیسی مقاله A biological network represents the interaction between a set of macromolecules to drive a particular biological process. In a biological environment, abnormalities happen not only in one molecule but also through a biological network. One of the most effective methods to detect anomaly is the comparison between healthy and diseased networks. In this regard, biological network alignment is one of the most efficient ways to find the difference between healthy and diseased cells. This problem, protein-protein interaction network alignment, has been raised in two main types: Local network alignment and Global network alignment. According to the NP-completeness of this problem, different non-deterministic approaches have been proposed to tackle the Global network alignment problem. Recently, NetAl has been introduced as a common algorithm to align two networks. Although this algorithm can align two networks at the appropriate time, it does not consider biological features. In this study, we present a new framework called PRAF to improve the results of network alignment algorithms such as NetAl by considering some biological features like gene ontology (GO).
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله بیوانفورماتیک,شبکه ‌‌بر‌هم‌کنش پروتئین- پروتئین,هم‌ترازی,هستی‌شناسی ژن,خوشه‌بندی
نویسندگان مقاله فاطمه زارع‌میرک‌آباد |
گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران

زهرا قربانعلی |
گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران

نشانی اینترنتی https://biot.modares.ac.ir/article_22503_2eab58ef43e89041a92aa221917e7cdc.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات