این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۱۰، شماره ۱، صفحات ۸۵-۹۲
عنوان فارسی مطالعه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱–G و آپتامر anti-MUC۱
چکیده فارسی مقاله اهداف: مطالعه برهم‌کنش‌های آنالیت- زیست‌پذیرنده‌ در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیست‌حسگرها نقش اساسی دارد. زیست‌حسگرهایی که از آپتامرها به‌عنوان پذیرنده زیستی استفاده می‌کنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها می‌توانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC1-G و آپتامر anti-MUC1 است.
مواد و روش‌ها: روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهم‌کنش‌های مولکولی به‌علت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج می‌تواند برای منعکس‌کردن محیط‌های مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC1 S2.2 به‌عنوان زیست‌پذیرنده و از پپتید MUC1–G به‌عنوان زیست‌شناساگر استفاده می‌کند، به کار گرفته شوند.
یافته‌ها: براساس انرژی‌های اتصال محاسبه‌شده، آپتامر anti-MUC1 S2.2 بالاترین تمایل به پپتید MUC1–G را در محیط 0/10مولار سدیم‌کلرید در میان غلظت‌های مطالعه‌شده سدیم‌کلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا می‌نماید.
نتیجه‌گیری: نتایج شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیم‌کلرید در محیط باعث کاهش انرژی‌های اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC1 به پپتید MUC1–G با افزایش غلظت کمتر می‌شود. دیدگاه به‌دست‌آمده از مدل‌سازی حاضر انتخاب‌پذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC1 را نشان می‌دهد که در توسعه زیست‌حسگرها باید ملاحظه شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله شبیه‌سازی دینامیک مولکولی،اتصال پپتید-آپتامر،MUC1،آپتاحسگر،
عنوان انگلیسی Molecular Dynamics Simulation of Influences of Solvent Ionic Concentration on the Binding of MUC1–G Peptide and Anti-MUC1 Aptamer
چکیده انگلیسی مقاله Aims: Molecular insights into the analyte-bioreceptor interactions play a vital role in the efficacy of designing biosensors. Biosensors that utilize aptamers as bioreceptors are highly efficient with high specificity and reusability. Aptasensors can be used in a variety of conditions of in vivo or in vitro. The aim of this study was to study the changes in the solvent conditions of the binding of MUC1-G peptide and the anti-MUC1 aptamer.
Materials and Methods: The molecular dynamics simulation method has been used to investigate the change of molecular interactions due to selective variations in solvent conditions. The results can be used to reflect a variety of environments, in which the aptasensor utilizes anti-MUC1 S2.2 aptamer as a bioreceptor and MUC1–G peptide as a biomarker.
Findings: Based on the calculated binding energies, the medium containing 0.10M NaCl and anti-MUC1 S2.2 aptamer demonstrates the highest affinity toward the MUC1-G peptide among the studied concentrations of NaCl, and the arginine amino acid has a key role in the aptamer–peptide binding. Conclusion: The results of MD simulation indicated that the increase in the concentration of NaCl in the interaction environment leads to a decrease in binding energies; therefore, the binding affinity of the anti-MUC1 aptamer to MUC1-G peptide decreases. Insights from present modeling demonstrate the selectiveness and sensitivity to solvent conditions, which should be considered in the development of biosensors.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله شبیه‌سازی دینامیک مولکولی,اتصال پپتید-آپتامر,MUC1,آپتاحسگر
نویسندگان مقاله مریم منصفی |
گروه مهندسی شیمی، دانشکده مهندسی شیمی و نفت، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

حمید عرفان‌نیا |
گروه مهندسی شیمی، دانشکده مهندسی شیمی و نفت، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

رحیم قدری |
گروه شیمی آلی و بیوشیمی، دانشکده شیمی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

نشانی اینترنتی https://biot.modares.ac.ir/article_22476_44c8b169afd7faac458896d3dfaaf19d.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات