این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۱۰، شماره ۱، صفحات ۹۳-۱۰۱
عنوان فارسی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی OmpF در غشا دولایه دوقلو: مطالعه رفتار متفاوت پروتئین OmpF در یک سیستم با حضور غلظت‌های یونی نامتقارن
چکیده فارسی مقاله یکی از پروتئین‌های غشای خارجی باکتری اشریشیا کلی (E. coli) OmpF است که امکان عبور یون‌ها را میسر می‌سازد. در سالیان اخیر روش‌های متنوع تجربی و تئوری برای مطالعه این پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه به ‌منظور حفظ شرایط مرزی از دو غشای دولایه در یک جعبه شبیه‌سازی برای بررسی تغییرات کانال در حین عبور یون‌ها استفاده ‌شده است. غلظت‌های یونی متفاوت در دو طرف غشا اعمال ‌شده است تا شرایط شبیه‌سازی به شرایط واقعی باکتری بیشتر شباهت داشته باشد. در این شبیه‌سازی دو سیستم مشابه هم درون یک جعبه شبیه‌سازی قرار گرفته‌اند. برای بررسی بیشتر در این دو سیستم جهت‌گیری کانال پروتئینی نسب به شیب غلظت یونی در هر دو جهت اعمال ‌شده است. در این تحقیق به بررسی اینکه در انتقال یونی جهت‌گیری ارجح برای این کانال وجود دارد یا خیر پرداخته می‌شود. آنالیزهای ساختاری برای پروتئین در دو جهت‌گیری نشان‌دهنده تفاوت بین دو کانال است همچنین الگوهای مربوط به بررسی‌های ساختار دوم با وجود پیک‌های مشابه در برخی نقاط متفاوت بود. نتایج بررسی اسیدهای آمینه درون گذرگاه و حفره درون کانال نیز برای ساختار انتهایی پروتئین دوم متفاوت از ساختار انتهایی پروتئین اول بود. همچنین عبور یون در پروتئین دوم مشاهده نشد. نتایج نشانگر این است که یکی از کانال‌ها که جهت‌گیری آن مشابه با جهت‌گیری واقعی این کانال در غشای باکتری است در طول این شبیه‌سازی 100نانوثانیه‌ای باز و عبور یون از آن قابل ‌مشاهده و پیگیری است، در حالی که کانال دیگر که جهت آن برعکس آنچه در طبیعت وجود دارد، بسته شده که نشان‌دهنده اثرات شیب غلظت یونی روی کانال است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله شبیه‌سازی پروتئین غشایی،شبیه‌سازی غشای دولایه دوقلو،غلظت یونی نامتقارن،پروتئین OmpF،
عنوان انگلیسی Molecular Dynamic Simulations of OmpF in a Double Bilayer Membranes: The Different Behavior of OmpF in an asymmetric Ionic Concentration System
چکیده انگلیسی مقاله is one of the bacterial outer membrane protein which can transfer the ions into the membrane. During the last years different theoretical and experimental methods have been used for the investigation of the bacterial protein. In this study for retaining periodic boundary condition and investigation of the channel structural changes, we use double lipid bilayer in the system. Different ion concentration was applied into the lipid bilayers to make simulation much more realistic. The aim of this simulation is if there is any prominent direction in the ion passage of the channels. Structural analysis for two proteins with a different orientation is dissimilar and dssp analysis shows different peaks although there are common peaks. Lining residues and constriction zone amino acids in the two final frames are also diverse. There is no ion passage thorough protein 2. The results are completely different for the ion channels and it shows which after 100ns simulation one of the channels which its direction is similar to the natural channel in the bacterial membrane is open and the ion passage is clear and the other channel is completely closed which is related to the direction of the channel due to the ion concentration.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله شبیه‌سازی پروتئین غشایی,شبیه‌سازی غشای دولایه دوقلو,غلظت یونی نامتقارن,پروتئین OmpF
نویسندگان مقاله سمیرا پولکچی صابر |
گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران

سیدشهریار عرب |
گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران

نشانی اینترنتی https://biot.modares.ac.ir/article_22477_ff3c7eb83c6b5fdd7202c89ddeee5dd1.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات