این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۹، شماره ۱، صفحات ۴۷-۵۲
عنوان فارسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید ‌مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی ‌دومین‌های بتا-پراپلر اول و دوم ‌LRP۶‎؛ ‌یک دیدگاه ساختاری در طراحی دارو
چکیده فارسی مقاله اهداف: پروتئین مسد، مهارکننده عمومی مسیر است و اثرات درمانی علیه سرطان پستان منفی سه‌گانه دارد. پپتید مشتق‌شده از ناحیه انتهای کربوکسیل مسد، مشابه با پروتئین، به‌عنوان مهارکننده عمل می‌نماید. هدف پژوهش حاضر، بررسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم LRP6 بود.
مواد و روش‌ها: پژوهش تجربی حاضر با شبیه‌سازی میان‌کنش بین مولکولی بدون پیش‌فرض و هدفمند، به‌ترتیب توسط دو ابزار تحت شبکه ClusPro و Haddock و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی صورت گرفت. اتصال پروتئین مسد و پپتید آن روی LRP6 بررسی و کمپلکس‌ها آنالیز ساختاری شدند.
یافته‌ها: سطوح وسیعی از پروتئین مسد در میان‌کنش با LRP6 قرار داشت و سطوح درگیر پپتید بسیار کمتر بود. جهت‌گیری اتصال مسد به کمک‌گیرنده، از ناحیه انتهای کربوکسیل بود. محل اتصال پپتید و پروتئین روی LRP6 ناحیه‌ای مشابه بین دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم این کمک‌گیرنده بود. نمودار RMSD و RMSF کمپلکس مسد و پپتید آن با دومین عملکردی اول کمک‌گیرنده LRP6 تقریباً مشابه بود.
نتیجه‌گیری: محل اتصال لیگاندهای مسد و پپتید روی کمک‌گیرنده دقیقاً یکسان نیست، ولی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کمپلکس‌های منتخب، از الگوی مشترک مکانیزم مهار، در پپتید و پروتئین، با تاکید بر کنترل حرکت بین دومینی حکایت دارد. ناحیه درگیر در میان‌کنش هر کدام از لیگاندها، از لحاظ ساختاری نزدیک به ناحیه‌ای از کمک‌گیرنده است که دارای بیشترین انعطاف‌پذیری است. شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی پروتئین با کمک‌گیرنده، بیانگر نقش مهم ناحیه انتهای کربوکسیل در اتصال آن به LRP6 است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله مسد،‌LRP6‎،پیام‌رسانی ‌Wnt،سرطان پستان،شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی،
عنوان انگلیسی Probable Binding Sites of Mesd and Its Peptide Derived from ‎Carboxyl Terminal on LRP6 First and Second Beta-Propeller ‎Domains; A Structural Approach in Drug Design
چکیده انگلیسی مقاله Aims: The Mesd is a universal inhibitor and has therapeutic effect against triple negative breast cancer. The peptide derived from carboxyl terminal, similar to protein, acts as an inhibitor of the pathway. The aim of this study was to investigate the probable binding sites of Mesd and its peptide derived from carboxyl terminal on LRP6 first and second beta-propeller domains from a structural point of view in drug design.
Materials & Methods: This experimental study was conducted, using blind and site-directed molecular docking simulation with ClusPro and Haddock and molecular dynamic simulation. The binding sites of Mesd and the peptide on the first and second beta-propeller domains of receptor LRP6 were investigated and the selected complexes were structurally analyzed.
Findings: Extensive levels of Mesd protein were found to interact with LRP6 and the levels involved in the peptide were much lower. The binding region of Mesd to LRP6 was from the carboxyl terminal. The binding region of the peptide and the protein on LRP6 was a similar region between First and Second Beta-Propeller Domains of LRP6. The RMSD and RMSF chart of the Mesd complex and its peptide was approximately the same with the first functional domain of the LRP6 co-receptor.
Conclusion: The binding region of the peptide and the protein on LRP6 is not completely similar, but according to molecular simulation of selected complexes, the pattern of the inhibition mechanism is common and emphasizes on inter domain motion control from a structural point of view. Interactive region of each ligand is similar to a region of the co-receptor, which has maximum flexibility. Molecular docking simulation of Mesd and co-receptor shows important role of carboxyl terminal of the protein to bind to LRP6.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله مسد,‌LRP6‎,پیام‌رسانی ‌Wnt,سرطان پستان,شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی
نویسندگان مقاله مجید تقدیر |
گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

نجمه دهقان‌بنادکی |
گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

نشانی اینترنتی https://biot.modares.ac.ir/article_22391_02977fe3c852b2c4858ca7bfdb4bf0ff.pdf
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات