این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۸، شماره ۱۵، صفحات ۱۶۱-۱۷۰
عنوان فارسی شناسایی RNA های غیرکدکننده کوتاه ‌عملکردی با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی در گوسفند و بز
چکیده فارسی مقاله microRNA­ها، ­RNAهای غیرکدکننده­ای هستند که در تنظیمات پس از رونویسی نقش­های مهمی را بازی می­کنند. آن­ها بیان ژن­ها را به­وسیله مسیرهای تداخلی RNA، از طریق برش یا مهار ترجمه mRNA هدف تنظیم می­کنند. نقش­های مهمی برای miRNA­ها در روند تکاملی حیوانات مختلف گزارش شده است، اما اطلاعات محدودی در مورد miRNA­های گوسفند و بز وجود دارد. گوسفند و بز مدلی مناسب برای مطالعات ژنومیک مقایسه­ای و بیولوژیکی در نشخوارکنندگان هستند. شناساییmiRNA ­ها برای درک مکانیسم بیولوژیکی آن­ها بسیار حیاتی است. روش­های شناسایی محاسباتی، روش­های آزمایشگاهی را برای شناسایی سریع­تر RNA­های غیرکدکننده در ژنوم­های جدید، که اغلب تحت شرایط ویژه در انواع مختلفی از سلول­ها نسخه برداری می­شوند را تکمیل می­کنند. اخیراً روش­های یادگیری ماشین برای پیش­بینی ژن­های miRNA جدید استفاده می­شود. در این پژوهش یک طبقه­بندی­کننده جدید بر اساس SVM معرفی شد. این طبقه­بندی­کننده دقت بالا، حساسیت متعادل و اختصاصیت برای مجموعه داده miRNA را نشان می­دهد که ابزاری ایده­آل، برای شناسایی miRNA­ها در داده­های ترانسکریپتوم محسوب می­شود. ما در این پژوهش یک زیرمجموعه از ویژگی­های بهینه شامل 20 ویژگی را با استفاده از ماشین بردار پشتیبان (SVM) ایجاد کردیم. سپس با استفاده از برنامه C#، ویژگی­های استخراج شده برای داده­های آموزشی محاسبه شد. در این پژوهش، مدل هوشمند ماشین بردار پشتیبان با کرنل RBF و الگوریتم یادگیری SMO بهترین دسته‌بندی کننده برای پیش‌بینی ژن‌های microRNA در گوسفند و بز معرفی شد. حساسیت و اختصاصیت این مدل به ترتیب 88 و 85 درصد به‌دست آمد. سپس یک روش محاسباتی بر اساس آنالیز EST برای تشخیص miRNA­های بالغ گوسفند و بز مورد استفاده قرار گرفت. در کروموزوم یک گوسفند، 23 کاندید miRNA و در بز 15 miRNA از جستجوی هم­سانی شناسایی شد. نتایج نشان داد که مدل مورد استفاده ما می­تواند دقت بالایی در شناسایی miRNA­های گوسفند و بز ارائه دهد و نیز اطلاعات مفیدی را در زمینه عملکرد بیولوژیکی آن­ها در گونه­های نشخوارکنندگان فراهم آورد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Detecting of Functional Short Non-Coding RNAs using Bioinformatics Methods in Sheep and Goat
چکیده انگلیسی مقاله MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that have functional roles in post-transcriptional modification. They regulate gene expression by an RNA interfering pathway through cleavage or inhibition of the translation of target mRNA. Numerous miRNAs have been described for their important functions in developmental processes in numerous animals, but there is limited information about sheep and goat miRNAs. Sheep and goat are ideal model organisms for biological and comparative genomics studies in ruminants. Identification of miRNAs is crucial to understanding their biological mechanism. Computational identification approaches can supplement experimental approaches to quickly identify ncRNAs in novel genomes, chiefly miRNAs that are transcribed under particular conditions in specific cell types. Currently, machine learning approaches have been employed to predict novel miRNAs. In this study, we present a new SVM-based classifier. It demonstrated high accuracy, balanced sensitivity and specificity for the miRNA datasets, thus representing an ideal tool for miRNA identification from transcriptome sequencing data. In this research, we generated an optimized feature subset including 20 features using a support vector machine, and we developed a c # program to compute the features in the training sequences. In this study, an intelligent SVM model with RBF kernel and the SMO learning algorithm was the best classifier for predicting microRNA genes in sheep and goat. Sensitivity and specificity of this model were 88% and 85% respectively. Then, expressed sequence tag (EST) analysis was performed for finding sheep and goat mature miRNAs. Chromosome 1 was scanned for finding miRNA potential region. In sheep 23 miRNA genes and, in goat 15 miRNAs had been discovered by homology searching. Our finding demonstrate that the Sheep and goat miRNA sequences can be supplied useful information for investigating biological roles of miRNAs in ruminants.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله عاطفه سیددخت |


حامد احمدی |


علی اصغر اسلمی نژاد | ali asghar


علی مسعودی نژاد |


محمدرضا نصیری | mohammad reza


بلال صادقی |


نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-208&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده تخصصی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات