این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی، جلد ۳۰، شماره ۱۱۴، صفحات ۱۶۹-۱۸۲
عنوان فارسی توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک با چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) کشف شده بر روی ترانسکریپتوم گاو هلشتاین
چکیده فارسی مقاله چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهم‌ترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شده‌اند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر بوده و در نهایت به یک فرآورده پروتئینی ترجمه و بیان می شوند، احتمالا SNP های موجود در این مناطق نیز بهتر می توانند ارزش اصلاحی ژنومی را برآورد کنند. بر اساس این فرضیه، با استفاده از بسته نرم افزاری samtools، فهرستی از SNPها بر روی توالی ترانسکریپتوم نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا کشف و سهم آنها در توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک ((RFI در جمعیتی از تلیسه های هلشتاین استرالیایی ارزیابی شد. این ترانسکریپتوم با همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. در مجموع، یک فهرست شامل 53478 نشانگر SNP بر روی توالی ترانسکریپتوم جمعیت مورد مطالعه کشف شد که بیشتر آنها در طراحی آرایه‌های SNP ایلومینا در نظر گرفته نشده‌اند. فهرست یافت شده با آرایه با تراکم بالا ایلومینا تنها 6336 نشانگر مشترک داشت. این فهرست مشترک نتوانست سهم بیشتری از واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک را توجیه نماید. پیشنهاد می شود جایگاههای کشف شده در پیش بینی‌های مبتنی بر توالی کل ژنوم به کار برده شوند تا بهتر ارزیابی گردند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Genetic variance explanation of Residual Feed Intake (RFI) by SNPs discovered on transcriptome of Holstein cows
چکیده انگلیسی مقاله In recent years, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) has been the most important and efficient tool in animal breeding. Genome-wide Association Studies (GWAS) and Genome-enabled predictions (genomic selection) are two major applications of SNPs in animal genetics and breeding that both relay on genotyping a lot of SNPs. Some high dense (HD) SNP arrays have been applied particularly in dairy cattle for this purpose. Since transcriptome is resulted only from transcription of coding genomic regions and finally expressed into a protein, the SNPs located on transcriptome may estimate breeding values well. Based on this hypothesis, SNP discovery was done on a transcriptome assembled from aligning and mapping of RNA-Seq reads on bovine reference genome for an US Holstein cow population by samtools package. Then, the contribution of the discovered SNPs in explanation of genetic variance for Residual Feed Intake (RFI) trait in Australian Holstein was evaluated based on variance components analysis. It was discovered 53478 SNPs that the most weren’t on the current Illumina bovine SNP arrays. Only 6336 discovered SNPs were shared with Illumina bovine HD array. This reduced SNP panel was low dense and therefore could not capture genetic variance of RFI larger than Illumina bovine high dense SNP Chip. It's suggested to applying the discovered SNPs on transcritome in genomic predictions based on whole genome sequencing with no limitations for the number of shred loci with the current Illumina SNP arrays.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله محمدحسین بنایبازی | mohammad hossein
گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

اردشیر نجاتی جوارمی | nejati javaremi
گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

ایخیده ایمیومورین | ایخیده ایمیومورین
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کرنل، نیویورک، آمریکا

مصطفی قادری زفره ای |
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه یاسوج (Yasouj university)

سید رضا میرایی آشتیانی | seyed reza mirai ashtiani
گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://asj.areo.ir/article_111320_9b8bdf8ac6206853ddde788249b2478f.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/953/article-953-411426.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات