این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی ایران، جلد ۴۸، شماره ۱، صفحات ۱۱-۱۸
عنوان فارسی بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران
چکیده فارسی مقاله شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون‌گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه‌های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه‌گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله‌های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به‌ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم‌های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم‌های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین‌تری در بررسی‌های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل‌های مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی‌های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه‌هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی The pattern of linkage disequilibrium in three native Iranian sheep breeds
چکیده انگلیسی مقاله Understanding the pattern of linkage disequilibrium (LD) in different populations provides useful information for genomic selection (GS), genome wide association studies (GWAS) and identification of genetic architecture of traits by estimating the persistence of LD phase between markers and quantitative trait loci (QTL). The aim of this research was to estimate of the extent of LD in three Iranian native sheep breeds. Therefore, 186 blood samples were taken from three sheep breeds (96 Baluchi, 45 lori-Bakhtiari and 45 Zel) and genotyped by Illumina ovine 50K SNPChip, then linkage disequilibrium in any breed were measured using r2. The results showed that the highest average values of r2 at inter marker distance of less than 10Kb were 0.392± 0.323, 0.360±0.308 and 0.340±0.306 in Baluchi, Lori-Bakhtiari and Zel, respectively. The highest average values of r2 in autosome chromosomes of each breed were obtained for chromosome 24 and 25 in Baluchi, 9 and 21 in Lori-Bakhtiari and 23 and 24 in Zel. The amount of LD reduced with increasing the distance between markers, the extent of LD was less than 0.1 at inter marker distances greater than 100Kb. The comparison of correlation coefficients LD between different breeds showed a strong persistence of LD phase between Zel and Lori-Bakhtiari breeds which is probably due to recent common ancestors between these two breeds. Generally, with increase amount of LD means that lower marker density in association studies will be required. The results of this study showed to achieve genomic prediction accuracy of 85% (assuming there is no other accuracy limiting factor) and robust GWAS results, the density of markers must be higher than 50K SNPChip.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله سمیه بارانی |
دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

محمد مرادی شهربابک | moradi shahrbabak
استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

اردشیر نجاتی جوارمی | nejati javaremi
دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

محمد حسین مرادی | mohammad hossein
استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه اراک
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه اراک (Arak university)

محسن قلی زاده |
استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه ساری

مجید خان سفید | khan sefid
استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://ijas.ut.ac.ir/article_62042_4e595a9dc2191a4e4e0c929ebf2c15d9.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/954/article-954-412810.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات