این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی، جلد ۳۰، شماره ۱۱۶، صفحات ۱۶۱-۱۷۶
عنوان فارسی بررسی سازوکار مولکولی فعال‌سازی سامانه ایمنی گاو با استفاده از داده‌های بیان دیجیتالی لوکوسیت‌ها
چکیده فارسی مقاله کاربرد مسیرهای ژنی مؤثر در بروز صفات مختلف در اصلاح نژاد به راحتی امکان‌پذیر نمی‌باشد، اما شناسایی مسیرهای ژنی بدست آمده از برهم کنش داده‌های ترانسکریپتومی تأثیرگذار بر یک فرآیند زیستی، می‌تواند گام مهمی در فهم بهتر سازوکارهای تنظیمی آن فرآیند باشد. در این پژوهش، چگونگی سازوکار مولکولی تقویت پاسخ ایمنی با در نظر گرفتن مسیرهای ژنی فعال شده در لوکوسیت‌ها، مورد بررسی قرار گرفت. برای رسیدن به این هدف، پس از پیاده‌سازی داده‌های حاصل از تکنیک توالی‌یابی رونوشت‌ها (RNA-Seq) با شماره دسترسی GSE37447 از پایگاه داده NCBI، کنترل کیفیت داده‌ها با نرم‌افزار FastQC بررسی گردید. مکان‌یابی ژن‌ها و ایزوفرم‌ها با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام شد و تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرم با نرم‌افراز HT-Seq انجام گرفت و نهایتاً بررسی ژن‌های متفاوت بیان شده با edgeR انجام گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی بر اساس ژن‌هایی که تفاوت بیان داشتند، با پایگاه اطلاعاتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی نشان داد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم در لوکوسیت‌ها فعال می‌شود. بنابراین، مسیرهای ژنی یاد شده می‌توانند چگونگی تقویت پاسخ ایمنی را تفسیر نمایند و به روشن شدن بهتر مسیرهای تنظیمی در این فرآیند بیولوژیکی کمک کنند. به نظر می‌رسد جهت بهبود سامانه ایمنی به کمک برنامه‌های اصلاح نژادی می‌توان از ژن‌ها، فاکتورهای رونویسی، میکرو ریبونوکلئیک اسیدها و یا کوفاکتورهای دخیل در این دو مسیر ژنی (مسیر ژنی اتصال جایگزین و مسیر ترمیم اتصالات نادرست) کمک گرفت، زیرا این دو مسیر ژنی به طور مستقیم در فعال‌سازی و تنظیم فعالیت سامانه ایمنی مؤثر هستند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Investigation on the Molecular Mechanisms of the Bovine Immune System Activation by Leukocyte Transcriptomics Data
چکیده انگلیسی مقاله It is not easy to apply gene pathway in different traits in animal breeding, But identifying of gene pathways which obtain from transcriptomics data and influence a biological process could be an important step to better understanding the regulatory mechanisms of this process. In this study, leukocyte transcriptomics data was applied to evaluation of molecular mechanism related to improving the immune response by analysis of gene pathways. To achieve this, RNA-Seq data with accession number GSE37447 was downloaded from NCBI data bank and data quality control was done by FastQC software. Detection of genes and isoforms was performed by TopHat2 software and then level of genes' and isoforms' gene expression was conducted by HT-Seq. differentially gene expression was analyzed by edgeR. Analysis of gene pathways was done by online software DAVID based on genes which had differentially gene expression. Gene pathway analysis showed spliceosome and mismatch repair pathway were activated in leukocytes. Therefore, mentioned gene pathways could explain how to strengthen of the immune response and better clarify of regulatory pathways in this biological process. It seems genes, transcription factors, microRNA and/or cofactors which involve in these gene pathways (spliceosome and mismatch repair pathway) could be helped in order to improve the immune system by inbreeding programs because these gene pathways directly influence on the immune system activation and regulation of its functions.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله الهام بهدانی |
دانشجوی مقطع دکتری، گروه علوم دامی، دانشگده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین-خوزستان
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان (Ramin agriculture and natural resources university)

هدایت اله روشنفکر |
استاد، گروه علوم دامی، دانشگده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین-خوزستان
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان (Ramin agriculture and natural resources university)

مصطفی قادری زفره ای |
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه یاسوج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه یاسوج (Yasouj university)

جمال فیاضی |
استادیار، گروه علوم دامی، دانشگده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین-خوزستان
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان (Ramin agriculture and natural resources university)

محمد رضا بختیاری زاده بختیاری زاده | mohammad reza bakhtiari zadeh
استادیار، گروه دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://asj.areo.ir/article_113956_c9ae02e654aab8df8cb70da3fc653118.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/953/article-953-533300.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات