این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش در پزشکی، جلد ۴۱، شماره ۳، صفحات ۱۹۹-۲۰۹
عنوان فارسی شناسایی پروتئین‌های کلیدی درگیر در بروز سرطان معده به روش In silico
چکیده فارسی مقاله مقدمه: سرطان معده اولین عامل مرگ میر ناشی از سرطان در ایران است. مطالعات بسیاری در خصوص یافتن پروتئین‌های تأثیرگذار به­جهت اهمیت بر روی سرطان معده صورت گرفته است . با استفاده از پروتئین‌های شناسایی‌شده در خصوص سرطان معده و ابزارهای محاسباتی طراحی‌شده برای مطالعه شبکه‌های پیچیده، می‌توان راهی ارزان و منطقی برای شناسایی کاندیدهای پروتئینی درگیر در این بیماری معرفی نمود. روش بررسی: در این مطالعه که به روش تحلیلی با نگرش کمی انجام‌شده است، به منظور بررسی شبکه میانکنشی پروتئین های شناسایی شده درگیر در سرطان معده، ابتدا پروتئین‌ها از مقالات استخراج شدند سپس با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و افزونه MiMI در پایگاه داده‌های میان کنشی پروتئین‌ها مورد جستجو قرار گرفتند و شبکه میان کنشی رسم شد. با استفاده از افزونه Centiscape شاخص‌های مرکزی (Degree, Stress, Betweenness, Closeness,) موردبررسی قرار گرفتند و گره‌های کلیدی‌تر شناسایی شدند. پس از افزودن داده‌های بیانی نیز مجدد این محاسبات صورت پذیرفت. یافته‌ها: از مقالات، فهرستی مشتمل بر 72 پروتئین استخراج شد و به کمک آن‌ها شبکه‌ای متشکل از 1673 گره ایجاد گردید. ارتباطات عمل کردی بین گره‌های موجود در زیر شبکه‌ها موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که اکثر پروتئین‌ها در فرایندهای تنظیمی دخیل هستند نتیجه بررسی شاخص‌های مرکزی در این شبکه نشان داد که HNF4A و TAF1 به دلیل داشتن میان کنش‌های زیاد و ایجاد ارتباط بین بخش‌های مختلف شبکه به‌عنوان گره‌های کلیدی در شبکه میان کنشی پروتئین‌های درگیر در بروز سرطان معده هستند. نتیجه‌گیری: از پروتئین‌های معرفی‌شده در این مطالعه می‌توان به‌عنوان مارکرهای تشخیصی و اهداف درمانی در سرطان معده استفاده نمود. از طرفی از روند ارائه‌شده در این مطالعه می‌توان در شناسایی اهداف کلیدی در سایر بیماری‌های پیچیده نیز استفاده نمود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی An In silico method to identify key proteins involved in the development of gastric cancer
چکیده انگلیسی مقاله Background: Gastric cancer is the first most common cancer death in Iran. There have been many efforts in finding the most effective proteins in this cancer. Using the proteins identified in gastric cancer combined with advanced computational tools in analyzing biological networks, we have developed a rational method in order to identify candidate proteins associated with this cancer. Materials and Methods: In this study, The analytical procedure is performed with quantitative view. At the beginning we extracted the available studied proteins using a comprehensive literature search, Important proteins in gastric cancer were extracted from the available scientific articles, then the protein interaction databases were searched using Cytoscape MiMI plugin in order to draw the interaction network. Using the Centiscape plugin more key nodes were identified and the Degree, Stress, Betweenness and Closeness were examined. We next added the available expression data and recalculated the parameters. Result: Our beginning list was 72 known proteins involved in gastric cancer, after creating a comprehensive network using the earlier mentioned tools and databases a network with 1673 nodes was created. Examining the GO term using the BINGO plugin most of the proteins were involved in the regulatory processes (65007, 50789, and 50794). Results in the network core index showed that HNF4A and TAF1 were the major key proteins in the protein interaction network which can be greatly involved in the development of gastric cancer. Conclusion: The proteins identified in this study can be used as diagnostic markers and therapeutic targets used in gastric cancer. The process presented in this study can be used to identify key targets in other diseases as well.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله محمد صابری | mohammad saberi


زرین مینوچهر | zarrin minuchehr


محسن شهلایی | mohsen shahlaei


سمیرا خیطان | samira kheitan


نشانی اینترنتی http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2443-1&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله دریافت فایل مقاله
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده گوارش و کبد
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات