این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش در پزشکی، جلد ۳۱، شماره ۱، صفحات ۱۹-۲۵
عنوان فارسی به کارگیری روش‌های خوشه‌بندی در ریزآرایه DNA
چکیده فارسی مقاله سابقه و هدف: به‌کارگیری فناوری ریزآرایه DNA که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به‌طور هم‌زمان در حداقل زمان ممکن می‌سازد، در سال‌های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده‌های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده‌ها شامل مواردی چون نرمال‌سازی، خوشه‌بندی، طبقه‌بندی است. هدف این مقاله بررسی نحوه به‌کارگیری روش‌های آماری خوشه‌بندی در داده های ریز آرایه DNA است. روش بررسی: در این تحقیق داده‌های سرطان پستان وانت‌ور و همکاران (2002) مربوط به جهش‌های ژنتیکی BRCA1 و BRCA2، تحلیل شده است. مجموعه داده‌ها شامل 18بیمار با جهش BRCA1 و 2 بیمار با جهش BRCA2 است. داده‌های بیان ژنی سرطان پستان با استفاده از روش‌های آماری سلسله مراتبی و غیر سلسله مراتبی خوشه‌بندی گردید. در هر دو روش خوشه‌بندی، داده‌ها به دو خوشه تقسیم شدند. روش‌های مختلف خوشه‌بندی با توجه به گروه‌بندی واقعی (BRCA1، BRCA2) مقایسه شدند. نرم‌افزار R برای تحلیل داده‌ها استفاده شد. یافته‌ها: ویژگی روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی در تشخیص ژن BRCA1، 94 درصد و حساسیت آن 100 درصد بدست آمد. ویژگی روش خوشه‌بندی غیر سلسله مراتبی در تشخیص ژن BRCA1، 89 درصد و حساسیت آن 100 درصد بدست آمد که نشان‌دهنده عملکرد مناسب دو روش خوشه‌بندی است. روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی بر اساس ادغام بر حسب میانگین مناسب‌ترین روش در بین همه روش‌های بررسی شده است. نمونه شماره 95 طبق نتایج همگی روش‌های خوشه‌بندی در گروه BRCA2 قرار گرفت در صورتی‌که بر اساس یافته‌های بالینی در گروهBRCA1 قرار دارد. نتیجه‌گیری: با توجه به انطباق قابل توجه نتایج خوشه‌بندی با گروه‌بندی واقعی داده‌ها، می‌توان از این روش‌های آماری در مواردی که اطلاع دقیقی از گروه‌بندی واقعی داده‌ها در دست نیست، استفاده کرد. به علاوه نتایج خوشه‌بندی ممکن است زیر گروه‌هایی از نمونه‌ها را به نحوی متمایز کند که برای انطباق آن با یافته‌های بالینی، پژوهش‌های آزمایشگاهی یا بالینی جدیدی لازم باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله ریزآرایهDNA ، خوشه‌بندی، بیان ژن، سرطان پستان
عنوان انگلیسی Clustering approach in DNA microarray analysis
چکیده انگلیسی مقاله Background: Microarray DNA technology has paved the way for investigators to expressed thousands of genes in a short time. Analysis of this big amount of raw data includes normalization, clustering and classification. The present study surveys the application of clustering technique in microarray DNA analysis. Materials and methods: We analyzed data of Van’t Veer et al study dealing with BRCA1 and BRCA2 mutations in breast cancer. It was consisted of 18 patients with BRCA1 and 2 patients with BRCA2 mutation. Gene expression data were clustered using hierarchical and non-hierarchical approach. Then different clustering approaches were compared according to the actual classification with R software. Results: Hierarchical clustering showed a sensitivity of 94% and specificity of 100% in detecting BRCA1 gene. These figures were 89% and 100% for non-hierarchical clustering, respectively, indicating a satisfactory performance for both approaches. All clustering approaches classified sample No. 95 in BRCA2 group, however, clinical manifestations put her in BRCA1 group. Conclusion: With respect to satisfactory coincidence between clustering and actual classification results, clustering approach could be applied for cases when actual classification is missing.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله DNA microarray, Clustering, Gene expression, Breast cancer.
نویسندگان مقاله حمید علوی مجد | h alavimajd
faculty of paramedicine, shahid beheshti university of medical sciences
دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی (Shahid beheshti university of medical sciences)

محسن واحدی | m vahedi
faculty of paramedicine, shahid beheshti university of medical sciences
گروه آمار زیستی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی (Shahid beheshti university of medical sciences)

یدالله محرابی | y mehrabi
department of biostatistics, shahid beheshti university of medical sciences
دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی (Shahid beheshti university of medical sciences)

بهار نقوی | b naghavi
faculty of nursing and midwifery, shahid beheshti university of medical sciences
دانشکده پرستاری و مامایی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی (Shahid beheshti university of medical sciences)

نشانی اینترنتی http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-330&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده عمومی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات