این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
مجله دانشکده پزشکی اصفهان، جلد ۳۴، شماره ۳۸۸، صفحات ۷۳۰-۷۳۶
عنوان فارسی تکثیر و توالی‌یابی بخشی از ژن مسؤول تشکیل خط سفید دفاعی در Pseudomonas aeruginosa با استفاده از Degenerate Polymerase Chain Reaction
چکیده فارسی مقاله مقدمه: لیپوپپتیدهای Pseudomonas مانند White line-inducing principle (WLIP)، دارای فعالیت‌های ضد میکروبی حایز اهمیتی می‌باشند. زمانی که باکتری مولد WLIP در مجاورت با Pseudomonas tolaasii کشت داده شود، خط سفید رنگی در بین آن‌ها ایجاد خواهد شد. با شناسایی راهبرد White line reaction (WLR) و بررسی تنوعات آن در انواع مختلف Pseudomonas شاید بتوان از آن به عنوان رویکردی برای درمان بیماری‌های عفونی استفاده کرد. در این مطالعه، با استفاده از تکنیک Degenerated polymerase chain reaction (Degenerate PCR) سعی گردید تا برای اولین بار به طور جزیی سیستم ژنتیک WLR در Pseudomonas aeruginosa شناسایی شود. روش‌ها: آنالیز دمین آنزیم‌های Non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) با استفاده از ابزار Nonribosomal peptide synthetase-Polyketide synthases (NRPS-PKS) انجام شد. همچنین، با به کارگیری برنامه‌ی Geneious الاینمنت چندگانه‌ی توالی DNA، آنالیزهای فیلوژنتیک و بلاست لوکال انجام گردید. در نهایت، DNA ژنومی Pseudomonas aeruginosa LMG 1272 استخراج و Degenerate PCR انجام شد. یافته‌ها: در ابتدا تکثیر (PCR) بر اساس دمین‌های C1 و TE انجام شد. با وجود تکرارها و تغییرات متعدد، علاوه بر باند مورد نظر، باندهای دیگری نیز به دست آمد. بدین منظور، با استفاده از ژن wlp/wip بلاست بر علیه ژنوم‌های Pseudomonas aeruginosa انجام شد. دو رکورد در دو سویه‌ی Pseudomonas aeruginosa در حدود 50 درصد Identity با ژن wlpB سویه‌ی RW10S2 مشاهده شد. بعد از الاینمنت این دو رکورد با wlpB در RW10S2، طراحی پرایمر و تکثیر انجام شد. با انجام Blastp تنها یک پروتئین به نام Gramicidin D در باکتری Ralstonia solanacearum SD54 با میزان Identity حدود 43 درصد مشاهده شد. نتیجه‌گیری: تشکیل خط سفید دفاعی توسط سویه‌ی Pseudomonas aeruginosa به احتمال زیاد توسط یک سیستم ژنتیک متفاوت از آنچه که تاکنون گزارش شده است، انجام می‌شود.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Partial Amplification and Sequencing of Gene Involved in Formation of Defensive White Line Reaction in Pseudomonas aeruginosa Using Degenerate Polymerase Chain Reaction
چکیده انگلیسی مقاله Background: Pseudomonas lipopeptides such as white line-inducing principle (WLIP) have important antimicrobial activities. When a WLIP producer bacterium is grown close to P. tolaasii, a white line precipitate will be formed between them Identification of white line reaction (WLR) defense strategy and its distribution among different pseudomonads might help to use such an approach for the treatment of infectious diseases In current study, through a degenerate polymerase chain reaction (PCR) method, the partial characterization of genetic system of NRPS-based WLR was attempted in Pseudomonas aeruginosa for the first time in the world. Methods: Domain analysis of non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) enzymes was performed by the nonribosomal peptide synthetase-Polyketide synthases (NRPS-PKS) tool. Multiple DNA sequence alignments, phylogenetic analyses and local Blast searches were performed by Geneious Pro. The gDNA was extracted from P. aeruginosa LMG 1272 and degenerate PCR was carried out. Findings: First, PCR amplification based on the C1 and TE domains was performed. Despite trying several modifications, a number of bands were obtained in addition to our expected band. For this purpose, the gene wlp/wip blast against Pseudomonas aeruginosa genomes was performed. Two homologes with about 50% identity to wlpB in RW10S2 were obtained. New primers were designed by which the target fragment could be amplified whose Blastp identified only one protein in bacterium Ralstonia solanacearum SD54 with the identity of about 43%. Conclusion: This study shows that the defensive white line formation by P. aeruginosa is governed most likely by a genetic system different from what has been reported before.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله محیاسادات لاجوردی | محیاسادات lajevardi
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی و نانوفن آوری پزشکی، دانشکده ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، زنجان، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی زنجان (Zanjan university of medical sciences)

اعظم قطبی | azam ghotbi
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی و نانوفن آوری پزشکی، دانشکده ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، زنجان، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی زنجان (Zanjan university of medical sciences)

فاطمه موسوی | fatemeh mousavi
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه بیوتکنولوژی و نانوفن آوری پزشکی، دانشکده ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، زنجان، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی زنجان (Zanjan university of medical sciences)

حسن رکنی زاده | hassan rokni zadeh
استادیار، گروه بیوتکنولوژی و نانوفن آوری پزشکی، دانشکده ی پزشکی و مرکز تحقیقات زیست فن آوری دارویی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، زنجان، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی زنجان (Zanjan university of medical sciences)

نشانی اینترنتی http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/6236
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/103/article-103-317446.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده مقاله پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات