این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
مهندسی مکانیک مدرس، جلد ۱۷، شماره ۲، صفحات ۴۱-۴۶
عنوان فارسی مدل درشت‌دانه پروتئین ها با استفاده از مختصات تجمعی باقی‌مانده‌ها
چکیده فارسی مقاله بسیاری از پدیده‌های سلولی و بیومولکولی در مقیاس‌های طولی و زمانی بزرگ رخ می‌دهند که این امر شبیهسازی کامپیوتری آن‌ها را در مقیاس اتمی غیرممکن می‌سازد. ازاین‌رو، درشت دانهسازی به‌مثابه پلی برای کوتاه کردن فاصله در مقیاس طولی و زمانی بین یک پروسه بیولوژیکی و مدل اتمی آن مورد توجه قرارگرفته است. علاوه بر این، در بسیاری از حالت‌ها مشاهده می گردد که دینامیک یک سیستم بر حسب مختصات تجمعی بهتر بیان می‌گردد. لذا در این مطالعه یک روش درشت دانه سازی برای دینامیک پروتئینها با استفاده از مختصات تجمعی باقی مانده ها به جای مختصات اتمی معرفی می‌گردد. در این روش یک نگاشت معکوس پذیر مستقل از زمان برای ارتباط مختصات اولیه و مختصات مرکز جرم تعریف شده و سپس، فضای پیکربندی سیستم تبدیل یافته به درجات آزادی اصلی و وابسته تقسیم می‌گردد. با فرض اینکه درجات آزادی اصلی کندتر از درجات آزادی وابسته ‌باشند، جابجایی این درجات آزادی نسبت به متغیر زمان بسط تیلور داده شده و نهایتاً این روش منجر به ایجاد ماتریس سختی، اصطکاک و جرم برای سیستم درشت دانه بر حسب مختصات تجمعی با قی مانده ها می‌شود. دو مختصات مرکز جرم و مرکز مقاومت هیدرودینامیکی باقیمانده ها به عنوان مختصات تجمعی در نظر گرفته شد. با اعمال این روش در مطالعه رفتار دینامیکی چند پروتئین نشان داده شد که این روش کارایی فوق العاده در پیشبینی مود و نرخ رهایش پروتئین‌ها دارد. همچنین نشان داده شد مختصات مرکز مقاومت هیدرودینامیکی گزینه مطلوب تری جهت انتخاب برای مختصات تجمعی می باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Coarse-graining of proteins using collective coordinates of the residues
چکیده انگلیسی مقاله Many phenomena in molecular biophysics happen over time and length scales that are inaccessible by fully atomistic computer simulations. Therefore, coarse-graining has become a common strategy for bridging the gap in time and length scale between the atomistic simulation and biological processes. Furthermore, in many cases the system dynamics is better represented in terms of collective coordinates. This study is concerned with a rigorous coarse-graining method for dynamics of linear systems using collective coordinates of the resiudes rather than coordinates of individual atoms. In this method an invertible linear time-independent map is considered to relate the original displacements to the collective coordinates. Then, the conformational space of the transformed system is divided into master and slave degrees of freedom. Under the assumption that the masters are slower than the slaves and by expanding the masters’ displacements in Taylor series with respect to time variable, the method results in effective stiffness, friction and mass for the coarse-grained system in terms of collective coordinates of the residues. Center of mass and hydrodynamic center of reaction coordinates of the residues are considered as collective coordinates. Application of the method to finding the relaxation dynamics of various proteins shows that using center of mass coordinates significantly improves the results.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله رضا سهیلی فرد |
دانشگاه حکیم سبزواری
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه حکیم سبزواری (Hakim sabzevari university)

نشانی اینترنتی http://mme.modares.ac.ir/article_16122_b46d997f7f481855e31f61e839602d5a.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1256/article-1256-322294.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات