این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش در نشخوارکنندگان، جلد ۵، شماره ۴، صفحات ۴۷-۶۰
عنوان فارسی شناسایی چند شکلی در ناحیه تنظیمی بالادست ژن های کالپاین و کالپاستاتین و ارتباط آن با برخی صفات اقتصادی در گوسفندان لری بختیاری
چکیده فارسی مقاله سابقه و هدف: هدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژن‌های کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن‌های مورد نظر و ارتباط آماری واریانت‌های آللی با صفات وزن‌ بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است. مواد و روش ها: تعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر قطعاتی با اندازه‌های 245 و 225 جفت بازی از ناحیه بالا دست ژن‌های کالپاستاتین و کالپاین طراحی شدند. پس از انجام PCR فرآورده های تکثیری حاصل از جایگاه های نشانگری کالپاستاتین و کالپاین به ترتیب در معرض هضم با آنزیم‌های اندونوکلئاز PstI و HaeIII قرار گرفتند. به دلیل یک شکل بودن نتایج حاصل RFLP، برای ارزیابی دقیق تر توالی‌های تکثیر شده از تکنیک SSCP استفاده شد. بعد از تعیین ژنوتیپ، از هر الگوی باندی ژن کالپاین یک نمونه مورد توالی یابی قرار گرفت. برای شناسایی موتیف‌های درگیر در فرآیند تنظیم ژنی و همچنین جهش های موجود در الگوهای باندی مختلف، توالی‌های به دست آمده با استفاده از نرم افزارهای DNASIS MAX و BioEdit مورد بررسی قرار گرفتند. ارتباط الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه کالپاین با صفات وزن‌ بدن در تولد، 3، 6 و 12 ماهگی و صفات دنبه شامل وزن، محیط بالا و پایین و ارتفاع دنبه در گوسفند لری بختیاری با استفاده از رویه Glimmix نرم‏افزار SAS (نسخه 1/9) مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: سه الگوی باندی مختلف A، B و C در جایگاه کالپاین در نمونه های لری بختیاری به ترتیب با فراوانی های 66، 9 و 25 در صد مشاهده شدند. ناحیه بالادست جایگاه ژنی کالپاستاتین در پژوهش حاضر یک شکل بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود ارتباط آماری معنی داری را بین الگوهای باندی در جایگاه نشانگر کالپاین و صفت وزن تولد در گوسفندان لری بختیاری نشان داد (P< 0.05). همچنین هم-ترازی توالی‌های الگوهای باندی مشاهده شده برای جایگاه نشانگر کالپاین در گوسفندان مورد مطالعه وجود شش چند شکلی تک نوکلئوتیدی را در موقعیت‌های مختلف نشان داد. نتیجه توالی یابی ژن کالپاستاتین رفتار یک شکل بودن الگوهای باندی این ژن را تایید کرد، به طوری که تفاوتی بین توالی های بدست آمده برای این ژن مشاهده نشد. آنالیز مقایسه‌ای موتیف‌ها بین توالی‌های مورد مطالعه نشان داد که تمامی موتیف‌ها بین الگوهای باندی مشترک بودند به جز موتیف های PEA3_CS و yeast_terminationCS1 که در الگوی باندی C وجود نداشته و موتیف alpha_INF.2 که فقط در الگوی باندی C وجود داشت. نتیجه گیری: با توجه به چند شکل بودن ناحیه تنظیمی بالادست جایگاه کالپاین و معنی دار بودن ارتباط آن با صفت وزن تولد، احتمالا بتوان از این جایگاه نشانگری در برنامه های اصلاح نژادی برای بهبود کیفیت گوشت در گوسفند بهره برد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Detection of polymorphism in upstream regulatory region of calpain and calpastatin genes and its association with body weight and fat-tail characteristics traits in Lori-Bakhtiari sheep
چکیده انگلیسی مقاله Background and objective: The aim of the present study was to investigate allelic diversity in upstream regulatory region of calpastatin and calpain genes, bioinformatics analysis of studied genes and association of allelic variants with body weight and fat-tail traits in Lori-Bakhtiari sheep. Materials and methods: One hundred and fifty blood samples were collected randomly and DNA was extracted by modified salting out method. The specific primer pairs were designed using Oligo 7 software for amplification of fragments with lengths of 245 and 225 bp from upstream regulatory region of calpastatin and calpain genes, respectively. After PCR, the amplified products of calpastatin and calpain marker sites were subjected to endonuclease digestion with PstI and HaeIII enzymes, respectively. Due to the monomorphic of RFLP results, the SSCP technique was used for more accurate assessment of amplified fragments. After genotyping, one sample from each banding patterns of calpain gene was sequenced. The obtained sequences were investigated for identification of motifs involved in gene regulation and also mutations in different banding patterns by DNASIS MAX and BioEdit softwares. Association between observed banding patterns and body weight traits at birth, 3, 6 and 12 months of age and weight, upper bound, lower bound and the height of fat-tail was investigated by Glimmix procedure of SAS (version 9.1) software. Results: Three banding patterns of A, B, and C with frequencies of 66, 9, and 25% were observed in Lori-Bakhtiari samples, respectively. The upstream region of calpastatine gene was monomorph in present study. Statistical analysis showed significant association between banding patterns of calpain marker site and body weight at birth in Lori-Bakhtiari sheep (P< 0.05). Also, sequences alignment of observed banding patterns for calpain gene in studied sheep showed 6 single nucleotide polymorphisms in different positions. Result of calpastatin gene sequencing confirmed its monomorphic behavior, so that no differences were observed between the sequences of this gene. Comparative motifs analysis between studied sequences showed that all motifs were common between the banding patterns except PEA3_CS and yeast_terminationCS1 which were not observed C banding pattern and alpha_INF.2 which observed only in C banding pattern. Conclusion: According to the polymorphic pattern in upstream regulatory region of calpain locus and its significant association with birth weight, this marker site may be used in breeding programs to improve meat quality in sheep. Key words: Calpastatin gene, Calpain gene, PCR-RFLP, PCR-SSCP, Lori-Bakhtiari sheep, Upsream regulatory region, Bioinformatics.Key words: Calpastatin gene, Calpain gene, PCR-RFLP, PCR-SSCP, Lori-Bakhtiari sheep, Upsream regulatory region, Bioinformatics.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله احسان نوبخت لنگری |
دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران

ایوب فرهادی |
دانشگاه ساری

سید حسن حافظیان |
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

محسن قلی زاده |
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

نشانی اینترنتی http://ejrr.gau.ac.ir/article_4115_555a1e7f291f7fe5b2ee9f25f8345c65.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1332/article-1332-780313.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات